Когорты

Группировка пациентов в когорты может быть удобна, если пациенты связаны по общему признаку (например, по типу патологии или источнику данных).

Создание когорты#

Откройте блок "Когорты" на панели навигации слева:

Нажмите на окно для группировки пациентов в когорты или на кнопку , выделенные здесь:

В открывшейся форме введите название когорты в поле Имя. Вы также можете добавить описание когорты, если хотите:

Нажмите на .

Теперь в блоке "Когорты" появилась добавленная когорта:

Страница когорты#

Страница когорты содержит только данные пациентов, включенных в эту когорту. Обратите внимание, что страница пациента одна и та же на страницах блока "Пациенты" и на страницах блока "Когорты" - любые изменения на ней отобразятся на всех страницах сразу. Архивация пациента на странице когорты переносит данные пациента на страницу "Архива" из блока "Пациенты".

Чтобы открыть страницу когорты, откройте блок "Когорты" на панели навигации слева и нажмите на строку нужной когорты:

Добавление нового пациента в когорту и загрузка образцов#

Чтобы добавить нового пациента в когорту, откройте страницу когорты и добавьте пациента, как описано здесь. Далее вы можете загрузить данные пациента. Данные пациента будут отображены как на странице когорты, так и на странице "Все пациенты". Кроме того, вы можете воспользоваться страницей множественной загрузки образцов в разных пациентов, нажав на .

Добавление созданного ранее пациента в когорту#

Чтобы добавить пациента, уже созданного ранее, в когорту, откройте страницу "Все пациенты" из блока страниц "Пациенты" и откройте страницу нужного пациента, нажав на его строку. Справа, в разделе "Информация пациента" нажмите на поле когорты:

В открывшемся списке выберите нужную когорту:

Теперь пациент добавлен в когорту, его данные отобразятся на странице когорты.

Анализ когорты#

Анализ когорты - объединение герминальных вариантов (SNVs/Indels), выявленных в образцах, входящих в когорту. Для анализа когорты доступны только те образцы из когорты, которые были загружены в формате FASTQ или BAM и для которых были успешно завершены стадии выявления и аннотации герминальных SNVs/Indels.

Для перехода к форме создания анализа когорты нажмите на . Далее воспользуйтесь инструкцией, описанной здесь. После создания анализа вы попадете на его страницу - в блок "Групповой анализ".

Изменение и удаление когорты#

Для изменения названия и описания когорты наведите курсор на строку когорты на панели навигации, нажмите на и затем на опцию "Изменить". В открывшемся окне редактирования когорты внесите необходимые изменения и нажмите на .

Если вы хотите убрать пациента из когорты, не удаляя его из Системы, зайдите на страницу пациента и поменяйте значение поля "Когорта" в разделе "Информация пациента" на "-".

Для удаления когорты наведите курсор на строку когорты на панели навигации, нажмите на и затем на опцию "Удалить". При удалении когорты пациенты, входившие в неё, не удаляются из Системы.