Реагенты capture kit
Реагент capture kit - это таргетная панель, используемая при направленном отборе. На странице "Реагенты Capture Kit" находятся все встроенные и загруженные в систему наборы capture kit. Эти наборы используются в процессе анализа образцов, полученных в результате таргетного секвенирования. Для анализируемого образца либо можно выбрать соответствующий ему реагент capture kit на этапе загрузки образца, либо набор, наиболее подходящий образцу, будет выбран автоматически из всех наборов, находящихся в системе. Кроме того, набор capture kit используется для фильтрации выявленных в образце SNVs/Indels.
Чтобы открыть раздел с реагентами capture kit, перейдите на страницу "Реагенты Capture Kit" из блока страниц "Настройки" через панель навигации слева:
На странице информация представлена в виде таблицы со следующими колонками:
- «ИМЯ» - название реагента capture kit (имя загруженного файла capture kit);
- «ТИП» - тип реагента: Встроенный (стандартные панели, часто применяемые при секвенировании и встроенные в систему) или Пользовательский (загруженный пользователем);
- «ДЛИНА» - суммарная длина покрытия (п.н.)
Загрузить набор capture kit#
- Нажмите на
, чтобы открыть окно
загрузки файла с набором capture kit:
- По умолчанию версия референсного генома, соответствующая геномным интервалам загружаемого набора capture kit, определяется Genomenal автоматически. Вы можете самостоятельно определить версию, нажав на соответствующее поле и выбрав нужную версию в открывшемся списке: hg19 или hg38.
- Загрузите файл capture kit в формате BED - файл с разделителями табуляцией или пробелами с тремя обязательными столбцами: хромосома, начальная позиция интервала на хромосоме, конечная позиция интервала на хромосоме. Для загрузки перетащите файл в окно или нажмите на него, чтобы открыть диспетчер файлов:
- Нажмите на
.
Загруженный capture kit отобразится в таблице и будет иметь тип "Пользовательский". Если версия референсного генома capture kit была определена как hg19, то для такого capture kit производится лифтовер (liftover) - замена позиций геномных интервалов на соответствующие им в hg38. Capture kits, которые были загружены как hg19 и для которых был сделан лифтовер, помечаются как "Конвертирован в hg38".
Скачать набор capture kit#
Чтобы скачать набор capture kit в формате BED, нажмите на его название в колонке "Имя".
Чтобы скачать загруженный файл capture kit в формате BED (файл до процессирования системой, в т.ч. до лифтовера),
наведите курсор на его строку и
нажмите на 
(такая опция доступна
только для наборов, загруженных пользователем).
Удалить набор capture kit#
Удалить можно только загруженный пользователем набор, для встроенных наборов такой опции нет.
Чтобы удалить набор capture kit, наведите курсор на его строку и
нажмите на 
.