Перейти к основному содержимому

Предустановки настроек

Предустановка настроек - это набор параметров анализа, который можно применять к образцам сразу при их загрузке. Это удобно, если вы планируете часто использовать одни и те же настройки для анализа нескольких образцов. Изменять и создавать собственные предустановленные настройки можно на странице "Настройки". Здесь можно убирать или добавлять целые модули анализа и менять их пороги.

Чтобы открыть раздел с предустановками настроек, перейдите на страницу "Настройки" из одноименного блока страниц через панель навигации слева:

На заметку

Количество и вид предустановок настроек зависит от первоначальных настроек, сделанных администратором Системы. Подробнее об основных предустановках, которые могли быть добавлены вам при регистрации, можно почитать здесь.

Создание предустановки настроек#

  1. Нажмите на , чтобы открыть форму добавления предустановки настроек.

  2. В открывшейся форме введите название предустановки настроек в поле Имя. Если хотите, можете также добавить описание предустановки.

  1. Нажмите на . В результате вам откроется страница созданной предустановки с набором настроек по умолчанию. Подстройте её под себя, как описано в следующем разделе.

Редактирование предустановки настроек#

Создайте предустановку, как описано в предыдущем разделе, или откройте страницу уже созданной предустановки, нажав на её строку на странице "Настройки". Страница с дефолтными предустановками настроек выглядит так:

1. Общие настройки анализа#

Здесь можно поменять:

  1. Имя, данное предустановке (для этого нажмите на него и внесите изменения).
  2. Режим анализа (Analysis mode):
  • Somatic and germline variant analysis - режим, позволяющий проводить поиск соматических и герминальных мутаций (SNVs/Indels), структурных вариаций и вариаций числа копий. Подходит для анализа опухолевых образцов с контролем (образцом соответствующей здоровой ткани) или без него.
  • Germline variant analysis - режим, позволяющий проводить поиск только герминальных (наследственных) мутаций, структурных вариаций и вариаций числа копий. Подходит для анализа неопухолевых образцов.

  1. Тип прочтений - тип последовательности (DNA, RNA или UNKNOWN), которая была отсеквенирована при получении вашего образца для анализа.
  2. Секвенатор - тип платформы секвенатора, на котором было произведено секвенирование последовательности (ILLUMINA, ION TORRENT, BGI или UNKNOWN).
  3. Описание - можно добавить описание предустановки настроек.

2. Настройки различных модулей анализа#

Настройки разделены на три основных модуля:

  1. Контроль качества
  2. Выравнивание
  3. Выявление вариантов

В любой момент вы можете смело покинуть страницу предустановки, перейдя в другой раздел сервиса или нажав на кнопку . Внесенные изменения сохраняются автоматически.

Установка по умолчанию#

Предустановка настроек, выбранная по умолчанию для анализа образцов, отмечена в колонке "По умолчанию" на странице "Настройки". Такую предустановку невозможно удалить. Если вы хотите установить по умолчанию другую предустановку, наведите курсор на её строку и нажмите на появившийся активный элемент .

Удаление#

Если вы хотите удалить ненужную предустановку настроек, наведите курсор на строку предустановки на странице "Настройки" и нажмите на появившийся элемент .