Настройки

Блок "Настройки" включает страницы "Настройки", "Шаблоны отчётов", "Панели генов", "Реагенты Capture Kit" и "Пользовательские аннотации".

Страница "Настройки"

Страница содержит предварительные установки настроек для анализа образцов. Предустановки настроек подробно описаны в соответствущем разделе.

На заметку

Количество и вид предустановок настроек зависит от первоначальных настроек, сделанных администратором Системы.

Вверху на странице находится кнопка , при нажатии на которую открывается окно создания предустановки настроек.

Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:

1. ПРЕДВАРИТЕЛЬНАЯ УСТАНОВКА НАСТРОЕК - имя предустановки настроек;
2. ОПИСАНИЕ - описание предустановки настроек;
3. ПО УМОЛЧАНИЮ - колонка, в которой галочкой отмечена та предустановка настроек, которая выбрана по умолчанию для анализа образцов;
4. ИЗМЕНЕН - дата последних изменений предустановки настроек в формате д.М.гггг.

Таблица отсортирована по имени предварительной установки настроек.

При наведении курсора на строку предустановки настроек, не выбранной по умолчанию, появляются следующие активные элементы: позволяет установить предустановку по умолчанию, а - удалить предустановку.

Шаблоны отчётов

Страница содержит шаблоны отчётов, сформированные для представления результатов анализа образцов в виде отчётов. Шаблоны отчётов подробно описаны в соответствущем разделе.

На заметку

Количество и вид шаблонов зависит от первоначальных настроек, сделанных администратором Системы.

Вверху на странице находятся следующие кнопки: , при нажатии на которую открывается окно импорта шаблона отчёта, и , открывающая страницу создания шаблона.

Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:

1. ИМЯ - имя отчёта (дает название вкладке с отчётом на странице образца);
2. ОПИСАНИЕ - описание шаблона отчёта;
3. ПРИМЕНИМ К ОБРАЗЦАМ - информация о типе образцов, к которым применим шаблон: Любые, Опухолевые, Неопухолевые;
4. АКТИВЕН - колонка, в которой галочкой отмечены активные отчёты;
5. ИЗМЕНЕН - дата последних изменений шаблона отчёта в формате д.М.гггг.

Таблица отсортирована по именам шаблонов отчётов.

При наведении курсора на строку шаблона отчёта появляется активный элемент , позволяющий удалить шаблон.

Панели генов

Страница содержит панели генов, по которым можно проводить фильтрацию выявленных вариантов. Панели генов подробно описаны в соответствущем разделе.

Вверху на странице находятся следующие кнопки: - открывает окно создания панели путем выбора генов из списка всех генов или добавления генов, связанных с определенным термином из Human Phenotype Ontology, - открывает окно создания панели путем импорта подготовленного списка генов, и - открывает окно импорта панели из библиотеки самых распространенных клинических панелей, загруженных администратором системы.

Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:

1. ПАНЕЛЬ ГЕНОВ - имя панели генов;
2. ОПИСАНИЕ - описание панели генов.

Таблица отсортирована по именам панелей генов.

При наведении курсора на строку панели генов появляется активный элемент , позволяющий удалить панель.

Реагенты Capture Kit

Страница содержит встроенные и загруженные наборы Capture Kit, которые можно указать при загрузке результатов таргетного секвенирования для более точного и быстрого анализа. Реагенты capture kit подробно описаны в соответствущем разделе.

Вверху на странице находится кнопка , при нажатии на которую открывается окно загрузки файла с набором capture kit.

Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:

1. ИМЯ - название реагента capture kit (имя загруженного файла capture kit). Нажав на имя capture kit, можно скачать набор в формате BED;
2. ТИП - тип реагента: Встроенный или Пользовательский (загруженный пользователем);
3. ДЛИНА - суммарная длина покрытия (п.н.)

Таблица отсортирована сначала по типу реагента (от пользовательских к встроенным реагентам), а затем по имени реагента capture kit.

При наведении курсора на строку пользовательского набора capture kit появляются следующие активные элементы: позволяет скачать загруженный файл capture kit в формате BED, а - удалить capture kit.

Пользовательские аннотации

Страница содержит загруженные пользователем аннотации, по которым будут аннотироваться найденные варианты. Пользовательские аннотации подробно описаны в соответствущем разделе.

Вверху на странице находится кнопка , при нажатии на которую открывается страница добавления пользовательской аннотации.

Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:

1. ИМЯ - имя пользовательской аннотации (может быть задано или изменено до момента, когда аннотация успешно обработана, либо совпадает с имененем загруженного файла аннотации);
2. СТАТУС - статусы загруженных аннотаций:
   - процесс обработки аннотации ещё не был запущен;
   - процесс обработки аннотации запущен, но ещё не завершён;
   - процесс обработки аннотации успешно завершён;
   - процесс обработки аннотации успешно завершён, но во время обработки возникли некритичные проблемы (детали можно посмотреть на странице пользовательской аннотации в разделе "Статус");
   - процесс обработки аннотации завершился неудачно (детали можно посмотреть на странице пользовательской аннотации в разделе "Статус");
3. ТИП - тип аннотации:
   - аннотация с таким типом используется в качестве базы COSMIC;
   - аннотация с таким типом используются в качестве базы патогенности (данные о классах патогенности вариантов);
   - аннотация с таким типом используется в качестве базы частот (данные о встречаемости вариантов в популяции);
   - аннотация с таким типом используется в качестве базы RUseq;
4. ИЗМЕНЕН - дата последних изменений пользовательской аннотации в формате д.М.гггг.

Таблица отсортирована по дате добавления пользовательских аннотаций (от аннотаций, добавленных последними, к аннотациям, добавленным первыми).

При наведении курсора на строку пользовательского аннотации появляется активный элемент , который позволяет удалить аннотацию.