Настройки
Блок "Настройки" включает страницы "Настройки", "Шаблоны отчётов", "Панели генов", "Реагенты Capture Kit" и "Пользовательские аннотации".
#
Страница "Настройки"Страница содержит предварительные установки настроек для анализа образцов. Предустановки настроек подробно описаны в соответствущем разделе.
На заметку
Количество и вид предустановок настроек зависит от первоначальных настроек, сделанных администратором Системы.
Вверху на странице находится кнопка ,
при нажатии на которую открывается окно создания предустановки настроек.
Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:
- ПРЕДВАРИТЕЛЬНАЯ УСТАНОВКА НАСТРОЕК - имя предустановки настроек;
- ОПИСАНИЕ - описание предустановки настроек;
- ПО УМОЛЧАНИЮ - колонка, в которой
галочкой
отмечена та предустановка настроек, которая выбрана по умолчанию для анализа образцов;
- ИЗМЕНЕН - дата последних изменений предустановки настроек в формате д.М.гггг.
Таблица отсортирована по имени предварительной установки настроек.
При наведении курсора на строку предустановки настроек, не выбранной по умолчанию, появляются следующие активные
элементы: позволяет установить предустановку по умолчанию, а
-
удалить предустановку.
#
Шаблоны отчётовСтраница содержит шаблоны отчётов, сформированные для представления результатов анализа образцов в виде отчётов. Шаблоны отчётов подробно описаны в соответствущем разделе.
На заметку
Количество и вид шаблонов зависит от первоначальных настроек, сделанных администратором Системы.
Вверху на странице находятся
следующие кнопки: , при нажатии на которую открывается окно импорта шаблона отчёта, и
, открывающая страницу
создания шаблона.
Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:
- ИМЯ - имя отчёта (дает название вкладке с отчётом на странице образца);
- ОПИСАНИЕ - описание шаблона отчёта;
- ПРИМЕНИМ К ОБРАЗЦАМ - информация о типе образцов, к которым применим шаблон: Любые, Опухолевые, Неопухолевые;
- АКТИВЕН - колонка, в которой галочкой
отмечены активные отчёты;
- ИЗМЕНЕН - дата последних изменений шаблона отчёта в формате д.М.гггг.
Таблица отсортирована по именам шаблонов отчётов.
При наведении курсора на строку шаблона отчёта появляется
активный элемент , позволяющий
удалить шаблон.
#
Панели геновСтраница содержит панели генов, по которым можно проводить фильтрацию выявленных вариантов. Панели генов подробно описаны в соответствущем разделе.
Вверху на странице находятся
следующие кнопки: - открывает окно создания панели путем выбора генов из списка всех генов или добавления генов, связанных с определенным термином из Human Phenotype Ontology,
- открывает окно создания панели путем импорта подготовленного списка генов, и
- открывает
окно импорта панели из библиотеки самых распространенных клинических панелей, загруженных администратором системы.
Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:
- ПАНЕЛЬ ГЕНОВ - имя панели генов;
- ОПИСАНИЕ - описание панели генов.
Таблица отсортирована по именам панелей генов.
При наведении курсора на строку панели генов появляется
активный элемент , позволяющий
удалить панель.
#
Реагенты Capture KitСтраница содержит встроенные и загруженные наборы Capture Kit, которые можно указать при загрузке результатов таргетного секвенирования для более точного и быстрого анализа. Реагенты capture kit подробно описаны в соответствущем разделе.
Вверху на странице находится кнопка ,
при нажатии на которую открывается
окно загрузки файла с набором capture kit.
Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:
- ИМЯ - название реагента capture kit (имя загруженного файла capture kit). Нажав на имя capture kit, можно скачать набор в формате BED;
- ТИП - тип реагента: Встроенный или Пользовательский (загруженный пользователем);
- ДЛИНА - суммарная длина покрытия (п.н.)
Таблица отсортирована сначала по типу реагента (от пользовательских к встроенным реагентам), а затем по имени реагента capture kit.
При наведении курсора на строку пользовательского набора capture kit появляются следующие активные
элементы: позволяет скачать загруженный файл capture kit в формате BED, а
-
удалить capture kit.
#
Пользовательские аннотацииСтраница содержит загруженные пользователем аннотации, по которым будут аннотироваться найденные варианты. Пользовательские аннотации подробно описаны в соответствущем разделе.
Вверху на странице находится кнопка ,
при нажатии на которую открывается
страница добавления пользовательской аннотации.
Информация на странице представлена в виде таблицы со следующими колонками:
- ИМЯ - имя пользовательской аннотации (может быть задано или изменено до момента, когда аннотация успешно обработана, либо совпадает с имененем загруженного файла аннотации);
- СТАТУС - статусы загруженных
аннотаций:
- процесс обработки аннотации ещё не был запущен;
- процесс обработки аннотации запущен, но ещё не завершён;
- процесс обработки аннотации успешно завершён;
- процесс обработки аннотации успешно завершён, но во время обработки возникли некритичные проблемы (детали можно посмотреть на странице пользовательской аннотации в разделе "Статус");
- процесс обработки аннотации завершился неудачно (детали можно посмотреть на странице пользовательской аннотации в разделе "Статус");
- ТИП - тип аннотации:
- аннотация с таким типом используется в качестве базы COSMIC;
- аннотация с таким типом используются в качестве базы патогенности (данные о классах патогенности вариантов);
- аннотация с таким типом используется в качестве базы частот (данные о встречаемости вариантов в популяции);
- аннотация с таким типом используется в качестве базы RUseq;
- ИЗМЕНЕН - дата последних изменений пользовательской аннотации в формате д.М.гггг.
Таблица отсортирована по дате добавления пользовательских аннотаций (от аннотаций, добавленных последними, к аннотациям, добавленным первыми).
При наведении курсора на строку пользовательского аннотации появляется
активный элемент , который позволяет
удалить аннотацию.