Страница образца

На странице образца приведена информация о ходе анализа образца, тут можно изменить параметры анализа и посмотреть его результаты после завершения обработки. Страницу образца можно открыть:

• со страницы "Образцы", нажав на имя образца:

• со страницы пациента, нажав на строку образца:

• со страницы запуска, нажав на строку образца:

Вы попадете на вкладку "Главное" образца, где расположены информация об образце, основные результаты и стадии процесса анализа.

Ход анализа (и, соответственно, наличие результатов) зависит от выбранных настроек анализа и типа образца (образец опухолевой или неопухолевой ткани).

Со вкладки "Главное" можно перейти на остальные вкладки на странице образца:

1. Вкладки с построенными отчётами - наличие вкладок зависит от наличия активных шаблонов отчётов (регулируется на странице "Шаблоны отчётов" в блоке страниц "Настройки"), их применимости к данному образцу и наличия необходимых для построения отчёта результатов. По умолчанию для вас могут быть активными следующие отчёты (добавление этих отчётов можно запросить у администратора системы):

• Отчёт по CNV - отчёт по результатам анализа числа копий хромосом в образце.
• Отчёт для анализа глиомы - отчёт с соматическими и герминальными вариантами, связанными с глиомами.

2. Биоинформатический отчёт - включает статистику о файле и отчёты о выполненных стадиях анализа образца (отчёт о качестве, отчёт по выравниванию, отчёт по покрытию и отчёт по выявленным SNVs/Indels).

3. Анализ покрытия (вкладка видна только для образцов, загруженных в форматах FASTQ или BAM, и только после успешного завершения всех стадий анализа) - содержит информацию о геномном покрытии и покрытии генов и транскриптов в образце.

4. Детали процесса анализа - включает подробную информацию о процессе обработки образца и промежуточные данные.

5. Параметры (вкладка видна только для образцов, загруженных в форматах FASTQ или BAM) - содержит информацию о параметрах анализа образца.