Основные шаблоны отчётов

В данном разделе описаны основные шаблоны отчётов, которые используются для представления результатов анализа. Некоторые из них могли быть добавлены в ваш профиль администратором при регистрации в Системе. Если вам понадобятся другие шаблоны отчётов, описанные здесь, вы можете обратиться к администратору или добавить их самостоятельно, как описано ниже.

1. Отчёт для анализа глиомы#

клинический отчёт о характеристиках глиом, основанный на онко-маркерах, выявленных в образце, и базе знаний, созданной на основе эскпертных знаний и научных публикаций по данной тематике;
влияет на построение отчёта для анализа глиомы;
подходит для представления результатов анализа образцов глиомы в любом формате файлов.

Условия построения отчёта#

Отчёт для анализа глиомы строится для образца, если выполняются следующие условия:

Образец загружен как образец опухолевой ткани.
Анализ образца успешно завершился (то есть все стадии анализа имеют статус "Завершено").
Для одиночного образца опухоли (tumor-only) успешно завершилась хотя бы одна из следующих стадий: "Аннотация соматических SNVs/Indels", "Аннотация герминальных SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий". Если же у вас набор образцов "опухолевый + соответствующий ему неопухолевый образец" (tumor-normal), то для построения отчёта необходимо, чтобы для опухолевого образца успешно завершилась стадия "Аннотация соматических SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий" или для неопухолевого - "Аннотация герминальных SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий".
Шаблон отчёта активен.
Шаблон отчёта был добавлен раньше, чем был обработан образец.

Добавление шаблона отчёта для анализа глиомы#

Чтобы добавить шаблон отчёта для анализа глиомы в систему, вы можете либо импортировать его, либо создать самостоятельно.

Импорт шаблона отчёта для анализа глиомы#

Скачайте файл шаблона (Отчёт для анализа глиомы) и импортируйте его, как описано здесь.

Создание шаблона отчёта для анализа глиомы#

Чтобы создать шаблон самостоятельно, выполните следующие действия:

На странице "Шаблоны отчётов" нажмите , чтобы открыть страницу добавления шаблона отчёта.
На открывшейся странице заполните следующие поля:

Имя: Отчёт для анализа глиомы
Применим к образцам: Опухолевые
Активен: да

Нажмите , чтобы сохранить шаблон.
Добавьте в шаблон все блоки, перечисленные ниже. Список блоков приведен в том порядке, в котором они идут в шаблоне. Если никаких уточнений после названия блока нет, значит используется блок, формируемый по умолчанию.

Блоки шаблона#

"Информация о пациенте".
"Раздел".

Имя:

ОТЧЁТ ПО СОМАТИЧЕСКИМ МУТАЦИЯМ

Описание:

Образец опухоли

"Информация об образце".
"Глиома: варианты уровня I".
"Глиома: варианты уровня II".
"Маркеры иммунотерапии".
"Глиома: предполагаемый диагноз".
"Глиома: предлагаемые препараты".
"Глиома: подробности о мутациях".
"Глиома: варианты уровня III".
"Клинические испытания".

Описание:

Список активных клинических испытаний для глиомы с сайта <https://clinicaltrials.gov>

Фенотипы:

Glioma;Astrocytoma;Glioblastoma;Diffuse Intrinsic Pontine Glioma;Ependymoma;Glioma, Subependymal;Ganglioglioma;Gliosarcoma;Medulloblastoma;Oligodendroglioma;Optic Nerve Glioma

"Глиома: подробности о панели генов".
"Раздел".

Имя:

ОТЧЁТ О ГЕРМИНАЛЬНЫХ ВАРИАНТАХ

Описание:

Образец неопухолевой ткани

"Информация о контрольном (неопухолевом) образце".
"Глиома: герминальные патогенные варианты".
"SNVs/Indels по генам списка ACMG SF".
"Глиома: герминальные патогенные варианты для заболеваний, отличных от глиом".
"Глиома: герминальные варианты, ассоциированные с глиомой".
"Раздел". Имя:

СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

"Глиома: список литературы".
"Раздел". Имя:

ТЕХНИЧЕСКИЕ ОГРАНИЧЕНИЯ

"Дисклеймер". Текст:

# Предел обнаружения
Метод NGS может быть недостаточно чувствительным для обнаружения SNV и Indels с частотой альтернативных аллелей менее 5% и 10% соответственно.
# Аналитическая чувствительность
Аналитическая чувствительность для всех классов вариантов доступна по запросу или на нашем веб-сайте.
# Заявление об отказе от клинической ответственности
Данный отчёт предоставляется исключительно в информационных целях. Он не может быть использован в качестве замены профессиональной медицинской консультации, диагностики, лечения или ухода. Отчёт может использоваться только совместно со всеми доступными клиническими и лабораторными данными и не должен использоваться в отрыве от этих данных. Обратитесь к своему врачу или другому квалифицированному специалисту за медицинской помощью. Никогда не используйте этот отчёт для игнорирования медицинских рекомендаций или откладывания обращения к квалифицированному специалисту.

2. Отчёт по CNV#

отчёт по результатам анализа числа копий хромосом в исследованном образце или образцах пациента;
влияет на построение отчёта по CNV для образца и отчёта по CNV для пациента (для всех образцов пациента);
подходит для представления результатов анализа неопухолевых образцов в формате FASTQ или BAM.

Условия построения отчёта#

Отчёт по CNV строится для образца, если выполняются следующие условия:

Образец загружен как образец неопухолевой ткани.
Анализ образца успешно завершился (то есть все стадии анализа имеют статус "Завершено"). Если анализ завершился с ошибкой, то в "Отчёте по CNV" для пациента будет соответствующее сообщение для образца, а "Отчёт по CNV" для образца не построится.
Для образца успешно завершилась стадия "Выявление вариации числа копий". Если стадия завершилась с ошибкой, то в "Отчёте по CNV" для пациента будет соответствующее сообщение для образца, а "Отчёт по CNV" для образца не построится. Если стадия исключена из анализа, то отчёт для образца не построится, а в отчёте для пациента образец упомянут не будет. Если стадия выключена у всех образцов пациента, то "Отчёт по CNV" для пациента не построится.
Шаблон отчёта активен.
Шаблон отчёта был добавлен раньше, чем был обработан образец.

Добавление шаблона отчёта по CNV#

Чтобы добавить шаблон отчёта по CNV в cистему, вы можете либо импортировать его, либо создать самостоятельно.

Импорт шаблона отчёта по CNV#

Скачайте файл шаблона (Отчёт по CNV) и импортируйте его, как описано здесь.

Создание шаблона отчёта по CNV#

Чтобы создать шаблон самостоятельно, выполните следующие действия:

На странице "Шаблоны отчётов" нажмите , чтобы открыть страницу добавления шаблона отчёта.
На открывшейся странице заполните следующие поля:

Имя: Отчёт по CNV
Применим к образцам: Неопухолевые
Активен: да
Заголовок отчёта:

ОТЧЁТ ПО РЕЗУЛЬТАТАМ АНАЛИЗА ЧИСЛА КОПИЙ ХРОМОСОМ В ДАННЫХ СЕКВЕНИРОВАНИЯ

Нажмите , чтобы сохранить шаблон.
Добавьте в шаблон все блоки, перечисленные ниже. Список блоков приведен в том порядке, в котором они идут в шаблоне. Если никаких уточнений после названия блока нет, значит используется блок, формируемый по умолчанию.

Блоки шаблона#

"Информация о пациенте". Отображаемые поля: Patient id, First name, Last name, Date of birth, Sex.
"Информация об образце". Отображаемые поля: Sequencing type, Sample collection date.
"Герминальные CNV: результаты".
"Герминальные CNV: интерпретация".
"Дисклеймер". Текст:

# Технические ограничения
Метод полногеномного секвенирования может быть недостаточно чувствительным для обнаружения анеуплоидий и определения пола образца при глубине прочтения генома менее 0.01 на одну пару нуклеотидов (п.н.). Аналитическая чувствительность для всех типов анеуплоидий доступна по запросу или в документации к программному продукту.
# Ограничения на использование Отчёта
Информация, представленная в данном документе, предназначена исключительно для внутреннего профессионального использования. Информация не может быть использована в качестве замены профессиональной медицинской консультации, диагностики, лечения или ухода. Отчёт может использоваться только совместно со всеми доступными клиническими и лабораторными данными и не должен использоваться в отрыве от этих данных. Исследования проведены в объёме, определенном заказчиком.
Дополнительная информация по данному анализу может быть получена по адресу {url} в разделе "Биоинформатический отчёт" или запрошена у компании, предоставившей данный отчёт.

"Место для подписи".