Отчёт для анализа глиомы

Клинический отчёт о характеристиках глиом (включая рецидивную глиобластому), основанный на выявленных в образцах глиомы онко-маркерах и базе знаний, созданной на основе экспертных знаний и научных публикаций по данной тематике.

Внимание!

Результаты отчёта должны интерпретироваться с использованием всех имеющихся клинических и лабораторных данных и не должны использоваться изолированно для диагностики и назначения лечения.

Отчёт строится для образца, если выполняются следующие условия:

Образец загружен как образец опухолевой ткани.
Анализ образца успешно завершился (то есть все стадии анализа имеют статус "Завершено").
Для одиночного образца опухоли (tumor-only) успешно завершилась хотя бы одна из следующих стадий: "Аннотация соматических SNVs/Indels", "Аннотация герминальных SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий". Если же у вас набор образцов "опухолевый + соответствующий ему неопухолевый образец" (tumor-normal), то для построения отчёта необходимо, чтобы для опухолевого образца успешно завершилась стадия "Аннотация соматических SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий" или для неопухолевого - "Аннотация герминальных SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий".
Соответствующий шаблон отчёта добавлен в Систему (до того, как была завершена обработка образца) и активен.

Применимость для анализа других патологий#

Отчёт содержит как информацию, специфическую для глиом, так и разделы, которые можно использовать для представления результатов анализа других патологий.

Разделы, специфические для глиом:

Разделы, не специфические для глиом:

Раздел с информацией о пациенте#

Соответствует блоку шаблона "Информация о пациенте".
Содержит основные данные о пациенте: код пациента, фамилию, имя, дату рождения, пол, поставленный диагноз. При необходимости в шаблоне отчёта в раздел можно также добавить поля с отчеством, возрастом, датой постановки диагноза и комментариями.
Поля раздела можно заполнить на странице отчёта, на странице пациента или на вкладке "Образец" страницы детальной информации о варианте. Информация обновляется в отчёте автоматически, независимо от места добавления данных.

1. Отчёт с соматическими мутациями#

Раздел содержит информацию, полученную на основе анализа опухолевого образца.

Раздел с информацией об опухолевом образце пациента#

Соответствует блоку шаблона "Информация об образце".
Содержит основные данные об опухолевом образце: тип секвенирования, дату сбора, реагенты capture kit, локализацию и методику. При необходимости в шаблоне отчёта в раздел можно добавить поля с именем, типом образца, онкологическим заболеванием, его стадией и уточнением стадии (определенными на момент взятия материала образца секвенирования), линией терапии (используемой для лечения на момент взятия материала образца секвенирования) и комментариями.
Поля раздела можно заполнить на странице отчёта, на странице опухолевого образца или на вкладке "Образец" страницы детальной информации о варианте. Информация обновляется в отчёте автоматически, независимо от места добавления данных.

Уровень I: варианты с высокой клинической значимостью#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: варианты уровня I".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит наиболее клинически значимые онко-маркеры (соматические однонуклеотидные варианты, инделы, вариации числа копий и структурные вариации), связанные с глиомами, выявленные в образце опухоли. Такие онко-маркеры очень важны для диагностики и лечения глиом (Уровень I; Tier I).

Здесь и далее однонуклеотидные варианты и инделы представлены в следующем виде:#

Ген - название гена, в котором располагается вариант. При нажатии на ген появится окно со всеми транскриптами, известными для гена:

Описание колонок таблицы с транскриптами можно найти в описании раздела "Транскрипты" на панели детальной информации.

Позиция - координаты варианта в геноме (хромосома + начальная позиция).
Генетический вариант - нуклеотидная и аминокислотная замены в номенклатуре HGVS. Нуклеотидная: префикс “c.” (coding; для замены в кодирующей последовательности) или “n.” (non-coding; для замены в некодирующей последовательности) + геномная позиция замещенного нуклеотида + референсный аллель > альтернативный аллель. Аминокислотная: префикс “p.” (protein) + референсная аминокислота + позиция аминокислоты в белке + новая аминокислота, получившаяся в результате замены.
Транскрипт - идентификатор основного транскрипта гена из базы RefSeq (NM_xxxxxx.x). При нажатии на транскрипт появится такое же окно со всеми транскриптами, известными для гена, как и при нажатии на поле "Ген".
Эффект варианта - последствия варианта для генов. Подробное описание возможных значений можно посмотреть здесь.
Содержание аллеля - частота альтернативного аллеля для данного образца (в процентах).
Глубина прочтения - общее количество прочтений последовательности, перекрывающих позицию варианта, для данного образца.
Внешние ссылки - ссылки на вариант в базах данных dbSNP, ClinVar и COSMIC (если база была загружена в виде пользовательской аннотации).
Ссылки на вариант во встроенных модулях: - модуль визуализации варианта в геноме, - страница детальной информации о варианте в SNV Viewer (вкладка "Аннотация").

Здесь и далее структурные вариации и вариации числа копий представлены в следующем виде:

Локус - часть генома, затронутая вариацией (ген, хромосома, плечо хромосомы).
Тип структурной вариации: делеция, дупликация, инверсия, транслокация, амплификация (для структурных вариаций) и увеличение/уменьшение числа копий (для вариаций числа копий).
Расположение - координаты вариации в геноме (хромосома (если затронута вся хромосома); хромосома и плечо; хромосома и начальная и конечная позиции на ней).

Уровень II: варианты с потенциальной клинической значимостью#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: варианты уровня II".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит потенциально клинически значимые вариации (соматические однонуклеотидные варианты, инделы, вариации числа копий и структурные вариации), выявленные в образце опухоли. Данные вариации, вероятно, связаны с глиомами, но эта связь менее изучена по сравнению с вариациями I уровня.

Маркеры иммунотерапии#

Соответствует блоку шаблона "Маркеры иммунотерапии".
Наполняется данными, если опухолевый образец был загружен в формате FASTQ или BAM и в нём были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит рассчитанный показатель уровня мутационной нагрузки опухоли (tumor mutation burden, TMB), представляющий собой среднее количество несинонимичных соматических мутаций на 1 МБ (1 млн пар оснований). Высокая TMB (более 19 мутаций на 1 МБ) указывает на положительный ответ на иммунотерапию, а низкая TMB (менее 6 мутаций на 1 МБ) - на резистентность к иммунотерапии.

Предполагаемый диагноз#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: предполагаемый диагноз".
Наполняется данными, если опухолевый образец был загружен в формате FASTQ или BAM и в нём были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels") и выявлены вариации числа копий (стадия "Выявление вариации числа копий").
Содержит вероятный диагноз, определенный на основе выявленных в образце мутаций уровней I и II и базы знаний, содержащей более 170 маркеров различных типов (однонуклеотидные варианты, инделы, структурные вариации, вариации числа копий), связанных с глиомой. Предположения о диагнозе строятся на основании того, что ДНК исследуемого образца была получена из глиомы. В случае, когда не удается однозначно определить диагноз, приводится до трёх наиболее вероятных диагнозов.
Для определенного диагноза приводятся обоснование в виде перечисления маркеров уровней I и II и прогнозируемое время выживания с выдержками из публикаций, на основании которых был сделан прогноз, и ссылками на исходные публикации.

Внимание!

Все интерпретации, предположения и прогнозы основаны на опубликованных исследованиях, предоставляются только в информационных целях и не предназначены для замены профессиональных медицинских рекомендаций, диагностики или лечения.

Предлагаемые препараты#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: предлагаемые препараты".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит противоопухолевые препараты, потенциально эффективные и неэффективные против глиомы, подобранные в базах данных CIVIC и CGI на основании выявленных в образце маркерах.
Для каждого препарата приведена таблица со следующими колонками:

Маркер (однонуклеотидный вариант, индел, структурная вариация или вариация числа копий) уровня I или II, который был выявлен в образце и для которого нашлось соответствие с препаратом.
Заболевание, для лечения которого (при наличии данного маркера) одобрено применение данного препарата.
Уровень доказательности описывает надёжность исследования, подтверждающего доказательство:

A (подтвержденная ассоциация) - доказанная/согласованная ассоциация с глиомой в медицине человека;
B (клинические данные) - связь с глиомой, подтверждённая клиническими испытаниями или другими первичными данными пациентов;
C (анализ единичного случая) - связь с глиомой, показанная в индивидуальных отчётах о клинических случаях из клинических журналов;
D (доклинические данные) - ассоциация с глиомой, которую поддерживают модели in vivo и in vitro.

Литература - ссылка на публикацию, которая подтверждает, что препарат рекомендован как таргетный при обнаружении у пациента данного маркера.
Для некоторых маркеров приведен отрывок из публикации с доказательством ассоциации.

Подробнее о мутациях#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: подробности о мутациях".
Включает мутации уровней I и II с выдержками из научных публикаций, подтверждающими связь мутации с глиомами, со ссылками на исходные публикации.

Уровень III: мутации в генах, ассоциированных с раком#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: варианты уровня III".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит вариации (соматические однонуклеотидные варианты, инделы, вариации числа копий и структурные вариации) c высоким прогнозным значением патогенности (с сильным влиянием на продукт гена), выявленные в генах, ассоциированных с различными типами раков, отличными от глиомы.

Клинические испытания#

Соответствует блоку шаблона "Клинические испытания".
Содержит активные клинические испытания различных лекарств, технологий или диагностических подходов с участием пациентов с определённым фенотипом, выбранным в блоке шаблона, (в данном случае - с глиомой) из базы ClinicalTrials.
Таблица имеет следующие колонки:

Название исследования со ссылкой на страницу с детальной информацией о нём в базе ClinicalTrials.
Патологии - изучаемое заболевание, расстройство, синдром, болезнь или травма. Сюда также могут входить другие вопросы, связанные со здоровьем, такие как продолжительность жизни, качество жизни и риски для здоровья.
Вмешательства - процесс или действие, на котором сосредоточено клиническое исследование. Может включать информацию о препаратах, медицинских изделиях, процедурах, вакцинах и др., а также неинвазивных подходах (обучение или изменение диеты и физических упражнений).
Местоположение - место проведения исследования (учреждение, город, страна).

Подробнее о панели генов для глиомы#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: подробности о панели генов".
Наполняется данными, если опухолевый образец был загружен в формате FASTQ или BAM.
Содержит информацию о покрытии генов (значение фракции экзонной части самого длинного транскрипта гена, прочитанной секвенатором не менее 50 раз (50X)), ассоциированных с глиомами и наиболее важных для интерпретации. Показывает оценку полноты и качества исходных данных с точки зрения создания данного отчёта. Чем выше процент покрытия, тем более полно был секвенирован транскрипт гена.

2. Отчёт о герминальных вариантах#

Раздел содержит информацию, полученную на основе анализа неопухолевого (контрольного) образца. Является вспомогательным и содержит герминальные варианты, которые являются патогенными и/или связаны с глиомами.

Раздел с информацией о неопухолевом образце пациента#

Соответствует блоку шаблона "Информация о контрольном (неопухолевом) образце".
Наполняется данными, если в анализируемый набор образцов помимо опухолевого образца входит неопухолевый (контрольный) образец.
Содержит основные данные о контрольном образце: тип секвенирования, дату сбора, реагенты capture kit, локализацию и методику. При необходимости в шаблоне отчёта в раздел можно также добавить поля с именем, типом образца, онкологическим заболеванием, его стадией и уточнением стадии (определенными на момент взятия материала образца секвенирования), линией терапии (используемой для лечения на момент взятия материала образца секвенирования) и комментариями.
Поля раздела можно заполнить на странице отчёта, на странице неопухолевого образца или на вкладке "Образец" страницы детальной информации о варианте. Информация обновляется в отчёте автоматически, независимо от места добавления данных.

Патогенные или вероятные патогенные для глиом#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: герминальные патогенные варианты".
Наполняется данными, если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные однонуклеотидные варианты, выявленные в контрольном образце, для которых установлена связь с глиомами согласно опубликованным исследованиям и которые также соответствуют одному из следующих условий:

Патогенные по данным ClinVar;
Вероятно патогенные по данным ClinVar;
Оказывающие сильное влияние на продукт гена (Значение эффекта == HIGH);
Оказывающие умеренное влияние на продукт гена (Значение эффекта == MODERATE) и имеющие частоту встречаемости в популяции менее 10%;
Редкие (имеющие частоту встречаемости в популяции менее 5%).

Под строкой варианта может быть приведён текст интерпретации варианта, если она была добавлена, как описано здесь.
Далее для каждого варианта приведены выдержки из научных публикаций, подтверждающих его связь с глиомами, со ссылками на исходные публикации.

ACMG вторичные находки#

Соответствует блоку шаблона "SNVs/Indels по генам списка ACMG SF".
Наполняется данными, если образцы в наборе были загружены в форматах FASTQ или BAM или в виде файлов VCF (каждый - c единственным образцом) и если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные варианты, выявленные в контрольном образце, которые расположены в генах из списка вторичных находок (secondary findings; SF) Американского колледжа медицинской генетики и геномики (ACMG). Для этих генов известны специфические мутации, приводящие к расстройствам с определённым фенотипом, на которые можно клинически подействовать с помощью общепринятого вмешательства. ACMG рекомендует сообщать о вариантах, обнаруженных в любом из этих генов, поскольку они имеют медицинское значение и могут быть использованы в будущем для информирования о клиническом лечении.
Варианты разделены на два списка соответственно выполнению для них определенных условий, которые подробно перечислены в соответствующем разделе.

Внимание!

Аннотация вариантов с помощью ClinVar с целью генерации отчёта по вторичным находкам ACMG обладает ограничениями, описанными здесь.

Патогенные или вероятные патогенные для любых других заболеваний#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: герминальные патогенные варианты для заболеваний, отличных от глиом".
Наполняется данными, если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные однонуклеотидные варианты, выявленные в контрольном образце, которые являются патогенными или вероятно патогенными по данным ClinVar и ассоциированы с заболеваниями, отличными от глиом.
Под строкой варианта может быть приведён текст интерпретации варианта, если она была добавлена, как описано здесь.

Ассоциированные с глиомой#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: герминальные варианты, ассоциированные с глиомой".
Наполняется данными, если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные однонуклеотидные варианты, выявленные в контрольном образце, ассоциированные с глиомами, но не попавшие в раздел "Патогенные или вероятные патогенные для глиом".
Под строкой варианта может быть приведён текст интерпретации варианта, если она была добавлена, как описано здесь.
Далее для каждого варианта приведены выдержки из научных публикаций, подтверждающих его связь с глиомами, со ссылками на исходные публикации.

3. Список литературы#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: список литературы"
Содержит ссылки на статьи, публикации и книги, посвященные исследованию глиомы, которые были использованы при составлении отчёта.

4. Технические ограничения#

Соответствует блоку шаблона "Дисклеймер".
Содержит сообщение об ограничении использования отчёта (текст может быть отредактирован в шаблоне).

Экспорт отчёта#

Отчёт для анализа глиомы можно скачать в формате PDF. Для этого нажмите на кнопку в правом верхем углу страницы отчёта.