Отчёт для анализа глиомы

Клинический отчёт о характеристиках глиом (включая рецидивную глиобластому), основанный на выявленных в образцах глиомы онко-маркерах и базе знаний, созданной на основе экспертных знаний и научных публикаций по данной тематике.

Внимание!

Результаты отчёта должны интерпретироваться с использованием всех имеющихся клинических и лабораторных данных и не должны использоваться изолированно для диагностики и назначения лечения.

Отчёт строится для образца, если выполняются следующие условия:

Образец загружен как образец опухолевой ткани.
Анализ образца успешно завершился (то есть все стадии анализа имеют статус "Завершено").
Для одиночного образца опухоли (tumor-only) успешно завершилась хотя бы одна из следующих стадий: "Аннотация соматических SNVs/Indels", "Аннотация герминальных SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий". Если же у вас набор образцов "опухолевый + соответствующий ему неопухолевый образец" (tumor-normal), то для построения отчёта необходимо, чтобы для опухолевого образца успешно завершилась стадия "Аннотация соматических SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий" или для неопухолевого - "Аннотация герминальных SNVs/Indels" или "Выявление вариации числа копий".
Соответствующий шаблон отчёта добавлен в Систему (до того, как была завершена обработка образца) и активен.

Применимость для анализа других патологий#

Отчёт содержит как информацию, специфическую для глиом, так и разделы, которые можно использовать для представления результатов анализа других патологий.

Разделы, специфические для глиом:

Разделы, не специфические для глиом:

Раздел с информацией о пациенте#

Соответствует блоку шаблона "Информация о пациенте".
Содержит основные данные о пациенте: код пациента, фамилию, имя, дату рождения, пол, поставленный диагноз. При необходимости в шаблоне отчёта в раздел можно также добавить поля с отчеством, возрастом, датой постановки диагноза и комментариями.
Поля раздела можно заполнить на странице отчёта, на странице пациента или на вкладке "Образец" страницы детальной информации о варианте. Информация обновляется в отчёте автоматически, независимо от места добавления данных.

1. Отчёт с соматическими мутациями#

Раздел содержит информацию, полученную на основе анализа опухолевого образца.

Раздел с информацией об опухолевом образце пациента#

Соответствует блоку шаблона "Информация об образце".
Содержит основные данные об опухолевом образце: тип секвенирования, дату сбора, реагенты capture kit, локализацию и методику. При необходимости в шаблоне отчёта в раздел можно добавить поля с именем, типом образца, онкологическим заболеванием, его стадией и уточнением стадии (определенными на момент взятия материала образца секвенирования), линией терапии (используемой для лечения на момент взятия материала образца секвенирования) и комментариями.
Поля раздела можно заполнить на странице отчёта, на странице опухолевого образца или на вкладке "Образец" страницы детальной информации о варианте. Информация обновляется в отчёте автоматически, независимо от места добавления данных.

Уровень I: варианты с высокой клинической значимостью#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: варианты уровня I".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит наиболее клинически значимые онко-маркеры (соматические однонуклеотидные варианты, инделы, вариации числа копий и структурные вариации), связанные с глиомами, выявленные в образце опухоли. Такие онко-маркеры очень важны для диагностики и лечения глиом (Уровень I; Tier I).

Здесь и далее однонуклеотидные варианты и инделы представлены в следующем виде:#

Ген - название гена, в котором располагается вариант. При нажатии на ген появится окно со всеми транскриптами, известными для гена:

Описание колонок таблицы с транскриптами можно найти в описании раздела "Транскрипты" на панели детальной информации.

Позиция - координаты варианта в геноме (хромосома + начальная позиция).
Генетический вариант - нуклеотидная и аминокислотная замены в номенклатуре HGVS. Нуклеотидная: префикс “c.” (coding; для замены в кодирующей последовательности) или “n.” (non-coding; для замены в некодирующей последовательности) + геномная позиция замещенного нуклеотида + референсный аллель > альтернативный аллель. Аминокислотная: префикс “p.” (protein) + референсная аминокислота + позиция аминокислоты в белке + новая аминокислота, получившаяся в результате замены.
Транскрипт - идентификатор основного транскрипта гена из базы RefSeq (NM_xxxxxx.x). При нажатии на транскрипт появится такое же окно со всеми транскриптами, известными для гена, как и при нажатии на поле "Ген".
Эффект варианта - последствия варианта для генов. Подробное описание возможных значений можно посмотреть здесь.
Содержание аллеля - частота альтернативного аллеля для данного образца (в процентах).
Глубина прочтения - общее количество прочтений последовательности, перекрывающих позицию варианта, для данного образца.
Внешние ссылки - ссылки на вариант в базах данных dbSNP, ClinVar и COSMIC (если база была загружена в виде пользовательской аннотации).
Ссылки на вариант во встроенных модулях: - модуль визуализации варианта в геноме, - страница детальной информации о варианте в SNV Viewer (вкладка "Аннотация").

Здесь и далее структурные вариации и вариации числа копий представлены в следующем виде:

Локус - часть генома, затронутая вариацией (ген, хромосома, плечо хромосомы).
Тип структурной вариации: делеция, дупликация, инверсия, транслокация, амплификация (для структурных вариаций) и увеличение/уменьшение числа копий (для вариаций числа копий).
Расположение - координаты вариации в геноме (хромосома (если затронута вся хромосома); хромосома и плечо; хромосома и начальная и конечная позиции на ней).

Уровень II: варианты с потенциальной клинической значимостью#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: варианты уровня II".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит потенциально клинически значимые вариации (соматические однонуклеотидные варианты, инделы, вариации числа копий и структурные вариации), выявленные в образце опухоли. Данные вариации, вероятно, связаны с глиомами, но эта связь менее изучена по сравнению с вариациями I уровня.

Маркеры иммунотерапии#

Соответствует блоку шаблона "Маркеры иммунотерапии".
Наполняется данными, если опухолевый образец был загружен в формате FASTQ или BAM и в нём были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит рассчитанный показатель уровня мутационной нагрузки опухоли (tumor mutation burden, TMB), представляющий собой среднее количество несинонимичных соматических мутаций на 1 МБ (1 млн пар оснований). Высокая TMB (более 19 мутаций на 1 МБ) указывает на положительный ответ на иммунотерапию, а низкая TMB (менее 6 мутаций на 1 МБ) - на резистентность к иммунотерапии.

Предполагаемый диагноз#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: предполагаемый диагноз".
Наполняется данными, если опухолевый образец был загружен в формате FASTQ или BAM и в нём были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels") и выявлены вариации числа копий (стадия "Выявление вариации числа копий").
Содержит вероятный диагноз, определенный на основе выявленных в образце мутаций уровней I и II и базы знаний, содержащей более 170 маркеров различных типов (однонуклеотидные варианты, инделы, структурные вариации, вариации числа копий), связанных с глиомой. Предположения о диагнозе строятся на основании того, что ДНК исследуемого образца была получена из глиомы. В случае, когда не удается однозначно определить диагноз, приводится до трёх наиболее вероятных диагнозов.
Для определенного диагноза приводятся обоснование в виде перечисления маркеров уровней I и II и прогнозируемое время выживания с выдержками из публикаций, на основании которых был сделан прогноз, и ссылками на исходные публикации.

Внимание!

Все интерпретации, предположения и прогнозы основаны на опубликованных исследованиях, предоставляются только в информационных целях и не предназначены для замены профессиональных медицинских рекомендаций, диагностики или лечения.

Предлагаемые препараты#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: предлагаемые препараты".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит противоопухолевые препараты, потенциально эффективные и неэффективные против глиомы, подобранные в базах данных CIVIC и CGI на основании выявленных в образце маркерах.
Для каждого препарата приведена таблица со следующими колонками:

Маркер (однонуклеотидный вариант, индел, структурная вариация или вариация числа копий) уровня I или II, который был выявлен в образце и для которого нашлось соответствие с препаратом.
Заболевание, для лечения которого (при наличии данного маркера) одобрено применение данного препарата.
Уровень доказательности описывает надёжность исследования, подтверждающего доказательство:

A (подтвержденная ассоциация) - доказанная/согласованная ассоциация с глиомой в медицине человека;
B (клинические данные) - связь с глиомой, подтверждённая клиническими испытаниями или другими первичными данными пациентов;
C (анализ единичного случая) - связь с глиомой, показанная в индивидуальных отчётах о клинических случаях из клинических журналов;
D (доклинические данные) - ассоциация с глиомой, которую поддерживают модели in vivo и in vitro.

Литература - ссылка на публикацию, которая подтверждает, что препарат рекомендован как таргетный при обнаружении у пациента данного маркера.
Для некоторых маркеров приведен отрывок из публикации с доказательством ассоциации.

Подробнее о мутациях#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: подробности о мутациях".
Содержит описание мутаций уровней I и II. Для каждой мутации приведены строка из таблицы с данными, описанной выше, и выдержки из научных публикаций, подтверждающих связь мутации с глиомами, со ссылками на исходные публикации.

Уровень III: мутации в генах, ассоциированных с раком#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: варианты уровня III".
Наполняется данными, если в опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы соматические варианты (стадии "Выявление соматических SNVs/Indels" и "Аннотация соматических SNVs/Indels").
Содержит вариации (соматические однонуклеотидные варианты, инделы, вариации числа копий и структурные вариации) c высоким прогнозным значением патогенности (с сильным влиянием на продукт гена), выявленные в генах, ассоциированных с различными типами раков, отличными от глиомы.

Клинические испытания#

Соответствует блоку шаблона "Клинические испытания".
Содержит активные клинические испытания различных лекарств, технологий или диагностических подходов с участием пациентов с определенным фенотипом, выбранным в блоке шаблона, (в данном случае - с глиомой) из базы ClinicalTrials.
Таблица имеет следующие колонки:

Название исследования со ссылкой на страницу с детальной информацией о нём в базе ClinicalTrials.
Патологии - изучаемое заболевание, расстройство, синдром, болезнь или травма. Сюда также могут входить другие вопросы, связанные со здоровьем, такие как продолжительность жизни, качество жизни и риски для здоровья.
Вмешательства - процесс или действие, на котором сосредоточено клиническое исследование. Может включать информацию о препаратах, медицинских изделиях, процедурах, вакцинах и др., а также неинвазивных подходах (обучение или изменение диеты и физических упражнений).
Местоположение - место проведения исследования (учреждение, город, страна).

Подробнее о панели генов для глиомы#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: подробности о панели генов".
Наполняется данными, если опухолевый образец был загружен в формате FASTQ или BAM.
Содержит информацию о покрытии генов (значение фракции экзонной части самого длинного транскрипта гена, прочитанной секвенатором не менее 50 раз (50X)), ассоциированных с глиомами и наиболее важных для интерпретации. Показывает оценку полноты и качества исходных данных с точки зрения создания данного отчёта. Чем выше процент покрытия, тем более полно был секвенирован транскрипт гена.

2. Отчёт о герминальных вариантах#

Раздел содержит информацию, полученную на основе анализа неопухолевого (контрольного) образца. Является вспомогательным и содержит герминальные варианты, которые являются патогенными и/или связаны с глиомами.

Раздел с информацией о неопухолевом образце пациента#

Соответствует блоку шаблона "Информация о контрольном (неопухолевом) образце".
Наполняется данными, если в анализируемый набор образцов помимо опухолевого образца входит неопухолевый (контрольный) образец.
Содержит основные данные о контрольном образце: тип секвенирования, дату сбора, реагенты capture kit, локализацию и методику. При необходимости в шаблоне отчёта в раздел можно также добавить поля с именем, типом образца, онкологическим заболеванием, его стадией и уточнением стадии (определенными на момент взятия материала образца секвенирования), линией терапии (используемой для лечения на момент взятия материала образца секвенирования) и комментариями.
Поля раздела можно заполнить на странице отчёта, на странице неопухолевого образца или на вкладке "Образец" страницы детальной информации о варианте. Информация обновляется в отчёте автоматически, независимо от места добавления данных.

Патогенные или вероятные патогенные для глиом#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: герминальные патогенные варианты".
Наполняется данными, если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные однонуклеотидные варианты, выявленные в контрольном образце, для которых установлена связь с глиомами согласно опубликованным исследованиям и которые также соответствуют одному из следующих условий:

Патогенные по данным ClinVar;
Вероятно патогенные по данным ClinVar;
Оказывающие сильное влияние на продукт гена (Значение эффекта == HIGH);
Оказывающие умеренное влияние на продукт гена (Значение эффекта == MODERATE) и имеющие частоту встречаемости в популяции менее 10%;
Редкие (имеющие частоту встречаемости в популяции менее 5%).

Помимо таблицы, описанной выше, для каждого варианта приведены выдержки из научных публикаций, подтверждающих его связь с глиомами, со ссылками на исходные публикации.

ACMG вторичные находки#

Соответствует блоку шаблона "SNVs/Indels по генам списка ACMG SF".
Наполняется данными, если образцы в наборе были загружены в форматах FASTQ или BAM или в виде файлов VCF (каждый - c единственным образцом) и если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные варианты, выявленные в контрольном образце, которые расположены в генах из списка вторичных находок (secondary findings; SF) Американского колледжа медицинской генетики и геномики (ACMG). Для этих генов известны специфические мутации, приводящие к расстройствам с определенным фенотипом, на которые можно клинически подействовать с помощью общепринятого вмешательства. ACMG рекомендует сообщать о вариантах, обнаруженных в любом из этих генов, поскольку они имеют медицинское значение и могут быть использованы в будущем для информирования о клиническом лечении.
Варианты разделены на два списка соответственно выполнению для них определенных условий, которые подробно перечислены в соответствующем разделе.

Внимание!

Аннотация вариантов с помощью ClinVar с целью генерации отчёта по вторичным находкам ACMG обладает ограничениями, описанными здесь.

Патогенные или вероятные патогенные для любых других заболеваний#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: герминальные патогенные варианты для заболеваний, отличных от глиом".
Наполняется данными, если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные однонуклеотидные варианты, выявленные в контрольном образце, которые являются патогенными или вероятно патогенными по данным ClinVar и ассоциированы с заболеваниями, отличными от глиом.

Ассоциированные с глиомой#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: герминальные варианты, ассоциированные с глиомой".
Наполняется данными, если в неопухолевом (контрольном) образце или одиночном опухолевом образце были успешно выявлены и проаннотированы герминальные варианты (стадии "Выявление герминальных SNVs/Indels" и "Аннотация герминальных SNVs/Indels").
Содержит герминальные однонуклеотидные варианты, выявленные в контрольном образце, ассоциированные с глиомами, но не попавшие в раздел "Патогенные или вероятные патогенные для глиом".
Помимо таблицы, описанной выше, для каждого варианта приведены выдержки из научных публикаций, подтверждающих его связь с глиомами, со ссылками на исходные публикации.

3. Список литературы#

Соответствует блоку шаблона "Глиома: список литературы"
Содержит ссылки на статьи, публикации и книги, посвященные исследованию глиомы, которые были использованы при составлении отчёта.

4. Технические ограничения#

Соответствует блоку шаблона "Дисклеймер".
Содержит сообщение об ограничении использования отчёта (текст может быть отредактирован в шаблоне).