Перейти к основному содержимому

Параметры

На данной вкладке вы можете посмотреть и изменить параметры анализа образца.

Параметры разделены на три основные группы соответственно тому, за какие модули анализа эти параметры отвечают:

  1. Контроль качества
  2. Выравнивание
  3. Выявление вариантов

Изменение параметров анализа#

Чтобы изменить значение порога метрики качества последовательности/выравнивания или параметра хардфильтрации/поиска вариации числа копий, нажмите на текущее значение и отредактируйте. Для сохранения изменений нажмите клавишу "Enter" или кликните левой кнопкой мыши в свободное место на странице.

Чтобы изменить выбор инструмента выравнивания, типа секвенирования, Capture Kit, нормальной панели или панели референсных образцов, нажмите на значение соответствующего поля и выберите нужную опцию:

Чтобы отключить или включить модуль анализа или его параметр, выключите или включите соответствующий тумблер. Включенный тумблер имеет синий цвет и смещён вправо: , а выключенный имеет серый цвет и смещён влево: .

Применение изменений параметров анализа#

Как только вы начнете вносить изменения в настройки анализа, появится следующее уведомление:

Необязательно подтверждать изменения сразу, можно сделать это, когда вы закончите вносить все необходимые изменения в настройки анализа, нажав на кнопку .

На заметку

Применение изменений параметров перезапустит процесс анализа образцов с шага, подвергшегося изменениям. Например, если вы поменяете порог параметра хардфильтрации, пайплайн выявления герминальных SNVs/Indels перезапустится со стадии фильтрации.

Внимание!

Отключив один из модулей анализа, вы потеряете весь прогресс его выполнения, т.е. если вы захотите включить его обратно, то процесс начнется с самого начала.

На заметку

Меняя параметры для одного образца из набора (например, для опухолевого образца из пары опухоль/контроль), вы меняете параметры у всех образцов из набора.

Чтобы отменить внесенные изменения, нажмите или просто покиньте страницу - изменения не сохранятся.

Совет

Если вы планируете часто использовать одни и те же параметры для анализа нескольких образцов, то вместо того, чтобы каждый раз менять настройки на вкладке параметров образца, удобно создать предустановку настроек анализа, которую можно применять к образцам сразу при их загрузке. О том, как это сделать, можно почитать здесь.