Отчёт по фармакогенетике

Отчёт содержит результаты фармакогенетического тестирования, которое позволяет учесть наследственные особенности пациента при назначении лекарственных средств. Генетические варианты могут влиять на эффективность и безопасность терапии, повышая, снижая или полностью устраняя ответ на лечение или повышая риск развития нежелательных лекарственных реакций.

Использование фармакогенетического тестирования помогает персонализированно подойти к выбору лекарственных средств и режиму их дозирования, минимизировать риск побочных эффектов и повысить общую эффективность фармакотерапии. Такой подход особенно важен при лечении хронических и онкологических заболеваний, где часто встречается резистентность к стандартной терапии.

Фармакогенетическое тестирование представляет из себя анализ генетических вариантов в фармакогенах. Фармакогены - это гены, кодирующие белки, принимающие участие в фармакокинетике и фармакодинамике лекарственных средств. К фармакогенам относятся гены ферментов, обеспечивающих метаболизм лекарственных средств; гены белков-транспортёров, участвующих в процессах всасывания, распределения и выведения лекарств из организма; и гены, кодирующие молекулы-мишени лекарственных средств.

Определение аллелей и диплотипов фармакогенетически значимых генов выполняется с помощью инструмента PharmCAT (Pharmacogenomics Clinical Annotation Tool). PharmCAT аннотирует генетические варианты (SNVs/indels) на основе данных из авторитетных ресурсов, включая CPIC (Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium), PharmGKB (Pharmacogenomics Knowledge Base), DPWG (Dutch Pharmacogenetics Working Group) и FDA (Food and Drug Administration).

ВНИМАНИЕ!

Фармакогенетический отчёт отражает экспертный консенсус, основанный на клинических данных и рецензируемой литературе, доступной на момент публикации, и предназначен исключительно для помощи клиницистам в процессе принятия решений. Однако он не учитывает всех индивидуальных особенностей пациента и не может служить единственным основанием для назначения или изменения терапии. Отчёт не является заменой профессиональной медицинской консультации, диагностики или лечения. Точность отчёта во многом зависит от качества исходных данных.

Фармакогенетический отчёт состоит из четырёх разделов: Выявленные аллели, Диплотипы, Генотипы и Дисклеймер.

Выявленные аллели#

Первый раздел представляет собой краткое резюме фармакогенетического отчёта. В нём содержится сводная таблица с результатами аллельной интерпретации фармакогенетически значимых генов. Для одного гена могут быть указаны несколько обнаруженных аллелей или гаплотипов, если входные данные позволяют их однозначно определить. Все варианты сгруппированы по их функциональному значению - влиянию на активность кодируемого фермента или транспортного белка.

Колонки таблицы:

Группа - функциональная категория, отражающая влияние выявленных аллелей на активность белка. Возможные группы:

Сниженная функция - объединяет следующие фенотипы:
- 0.0 (Poor Metabolizer) и Poor Metabolizer - Плохой (медленный) метаболизатор: низкая активность фермента или её отсутствие. Соответствует комбинации аллелей с отсутствующей функцией и/или аллелей со сниженной функцией в генах, кодирующих ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств: CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, DPYD, NUDT15, TPMT, UGT1A1.
- Likely Poor Metabolizer - Вероятный медленный метаболизатор. Может определиться для гена CYP2C19, кодирующего изофермент 2C19 системы цитохрома P450, который участвует в метаболизме лекарственных средств.
- 1.0 (Intermediate Metabolizer), 1.5 (Intermediate Metabolizer) и Intermediate Metabolizer - Промежуточный метаболизатор: сниженная активность фермента (активность между нормальным и плохим метаболизатором). Соответствует комбинации аллелей с нормальной, сниженной и/или отсутствующей функцией в генах, кодирующих ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств: CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, DPYD, NUDT15, TPMT, UGT1A1.
  1.0 и 1.5 - это оценки активности, используемые PharmCAT. Ферментативная активность с оценкой 1.0 ближе к нижней границе нормы, а ферментативная активность с оценкой 1.5 немного выше и ближе к нормальному метаболизатору.
- Likely Intermediate Metabolizer - Вероятный промежуточный метаболизатор. Может определиться для гена CYP2C19, кодирующего изофермент 2C19 системы цитохрома P450, который участвует в метаболизме лекарственных препаратов.
- Possible Intermediate Metabolizer - Возможный промежуточный метаболизатор. Может определиться для генов, кодирующих ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств: CYP3A5, NUDT15 и TPMT.
- Poor Function - Плохая функция: низкая активность транспортного белка или её отсутствие. Соответствует комбинации аллелей с отсутствующей функцией и/или аллелей со сниженной функцией в генах, кодирующих белки-транспортёры: ABCG2 и SLCO1B1.
- Decreased Function - Сниженная функция: пониженная активность транспортного белка (функция между нормальной и плохой). Соответствует комбинации аллелей с нормальной, сниженной и/или отсутствующей функцией в генах, кодирующих белки-транспортёры: ABCG2 и SLCO1B1.
- Possible Decreased Function - Возможное снижение функции. Может определиться для гена SLCO1B1, кодирующего полипептид-переносчик органических анионов 1B1 (OATP1B1), участвующий в транспорте лекарственных средств.
- Deficient - Дефицит G6PD - недостаточность фермента глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы (Г6ФДГ), кодируемого геном G6PD.
- Deficient with CNSHA - Дефицит G6PD с хронической несфероцитарной гемолитической анемией - недостаточность фермента глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы (Г6ФДГ), кодируемого геном G6PD, при хронической несфероцитарной гемолитической анемии (CNSHA).
Повышенная функция - объединяет следующие фенотипы:
- Rapid Metabolizer - Быстрый метаболизатор: активность фермента выше, чем у нормальных метаболизаторов, но ниже, чем у сверхбыстрых. Соответствует комбинациям аллелей с нормальной и повышенной функцией в генах, кодирующих ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств: CYP2B6 и CYP2C19.
- Ultrarapid Metabolizer - Сверхбыстрый метаболизатор: активность фермента выше, чем у быстрых метаболизаторов. Соответствует двум аллелям с повышенной функцией либо более чем двум аллелям с нормальной функцией в генах, кодирующих ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств: CYP2B6 и CYP2C19.
- Increased Function - Повышенная функция: активность транспортного белка выше, чем при нормальной функции. Соответствует одному или более аллелям с повышенной функцией в гене SLCO1B1, кодирующем полипептид-переносчик органических анионов 1B1 (OATP1B1), участвующий в транспорте лекарственных средств.
Побочные эффекты - соответствует фенотипу Восприимчивость к злокачественной гипертермии (Malignant Hyperthermia Susceptibility) - заболеванию скелетной мускулатуры, характеризующемуся чрезмерной метаболической реакцией на введение препаратов-триггеров. Развивается при мутациях в генах RYR1 и CACNA1S.
Ответ на препарат - объединяет следующие фенотипы:
- Генотипы "-1639 AA", "-1639 AG", "-1639 GG" гена VKORC1, который кодирует фермент, участвующий в метаболизме лекарственных средств. Эти варианты отличаются уровнем экспрессии фермента и, соответственно, требуют разных дозировок препаратов. Например, пациентам с генотипом -1639 AA рекомендуется назначать около 60% стандартной начальной дозы варфарина, тогда как для генотипа -1639 AG специальных рекомендаций по корректировке дозы нет¹.
- ivacaftor non-responsive in CF patients - Отсутствие ответа на лечение ивакафтором у пациентов с муковисцидозом. Этот фенотип соответствует ситуации, когда в гене CFTR все проверяемые варианты являются гомозиготными по референсному аллелю. Поскольку эффективность ивакафтора установлена только для пациентов, имеющих определённые генетические варианты в гене CFTR (в гомозиготном или гетерозиготном состоянии), отсутствие таких вариантов указывает на низкую вероятность терапевтического ответа².
- ivacaftor responsive in CF patients - Вероятный положительный ответ на лечение ивакафтором у пациентов с муковисцидозом. Фенотип соответствует обнаружению в гене CFTR генетического варианта, при котором применение ивакафтора, вероятно, будет эффективно. Наличие такой мутации означает, что пациент имеет высокий шанс положительного ответа на терапию.
Нормальная функция - объединяет следующие фенотипы:
- 2.0 (Normal Metabolizer) и Normal Metabolizer - Нормальный метаболизатор: полностью функциональная активность фермента. Соответствует комбинации аллелей с нормальной функцией и аллелей со сниженной функцией в генах, кодирующих ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств: CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, DPYD, NUDT15, TPMT, UGT1A1.
- Normal Function - Нормальная функция: полностью функциональная активность транспортного белка. Соответствует комбинации аллелей с нормальной функцией и/или аллелей со сниженной функцией в генах, кодирующих белки-транспортёры: ABCG2 и SLCO1B1.
- Normal - Нормальный: нормальная активность фермента глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы (Г6ФДГ), кодируемого геном G6PD. Соответствует гомозиготе по референсному аллелю - B (reference)/B (reference).
Неопределенный эффект - объединяет следующие фенотипы:
- Indeterminate - Неопределенный: термин фенотипа CPIC, присваиваемый генотипам, содержащим аллели с неопределенной или неизвестной функцией. Может быть определён для генов CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A5, G6PD, NUDT15, SLCO1B1, TPMT, UGT1A1.
- Uncertain Susceptibility - Неопределенная восприимчивость к злокачественной гипертермии - заболеванию скелетной мускулатуры, характеризующемуся чрезмерной метаболической реакцией на введение препаратов-триггеров. Восприимчивость к злокачественной гипертермии развивается при мутациях в генах RYR1 и CACNA1S.
- Variable - Вариабельная активность G6PD: вариабельная активность фермента глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы (Г6ФДГ), кодируемого геном G6PD.
- 0.5 (Phenotyping), 1.0 (Phenotyping) и Phenotyping - Необходима оценка активности фермента через фенотипирование. 0.5 и 1.0 - это оценки активности, используемые PharmCAT.
Противоречивые фенотипы - группа результатов, возникающая в случаях, когда для одного и того же гена различные комбинации выявленных аллелей или интерпретации из разных источников дают несовместимые выводы о фенотипе, то есть генотип пациента не может быть однозначно отнесён к конкретному фенотипу.

Ген - название проанализированного гена. В анализ включены 18 фармакогенетически значимых генов:

ABCG2 и SLCO1B1 - гены, кодирующие белки-транспортёры;
CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4, CYP3A5, CYP4F2, DPYD, G6PD, NUDT15, TPMT, UGT1A1 и VKORC1 - гены, кодирующие ферменты, участвующие в метаболизме лекарственных средств;
CACNA1S и RYR1 - гены, ассоциированные с восприимчивостью к злокачественной гипертермии;
CFTR - ген, определяющий ответ на лечение ивакафтором;
IFNL3 - ген, кодирующий цитокин, функционально связанный с интерферонами I типа и семейством IL-10.

Аллели - выявленные у пациента фармакогенетически значимые аллели данного гена (диплотипы).
Если для гена возникает неоднозначность в определении аллелей, все возможные варианты перечисляются через запятую.
Если для гена не удалось определить ни одного аллеля, указывается значение "недостаточно данных для определения аллелей". Такие гены далее исключаются из отчёта.
Генетические варианты, используемые в качестве фармакогеномных маркеров, описываются с помощью специальной номенклатуры звёздчатых аллелей. В этой системе варианты не обозначаются по их геномному положению или номенклатуре HGVS, а имеют условные обозначения вида *1, *2, *3 и т.д. Каждое такое обозначение соответствует определённому генетическому варианту в гене и его установленному функциональному эффекту. Использование звёздчатой номенклатуры позволяет специалистам быстрее и надёжнее идентифицировать клинически значимые фармакогенетические аллели и снижает риск ошибок при работе с номенклатурой HGVS.
Аллели "Reference" или "*1" присваиваются по умолчанию, если в позициях, которые учитываются при определении фармакогенетических аллелей, не обнаружено альтернативных вариантов. Важно: это не означает, что во всех позициях гена отсутствуют генетические вариации; запись не должна интерпретироваться как полное совпадение со всей референсной последовательностью гена.
Для гена CFTR запись "Reference" соответствует варианту CFTR, не отвечающему на лечение ивакафтором.

Диплотипы#

Раздел "Диплотипы" содержит результаты интерпретации фармакогенетических данных, выполненной с помощью инструмента PharmCAT. В таблицу включаются только те гены, для которых исходных данных было достаточно, чтобы определить диплотип. Для каждого обнаруженного диплотипа приводится информация о функциональности соответствующих аллелей, ожидаемом фенотипе и связанных с геном лекарственных средствах.

Колонки таблицы:

Ген - название гена, в котором удалось обнаружить искомые аллели. Для некоторых генов приводятся предупреждения в сносках под таблицей:

Для генов CYP2B6, CYP2C19, CYP2C9, CYP3A4, CYP4F2, G6PD, NUDT15, SLCO1B1, TPMT, UGT1A1 при использовании нефазированных геномных данных не всегда возможно однозначное определение диплотипа. В таких случаях указываются диплотипы, имеющие наивысший приоритет согласно PharmCAT.
В случае, когда в исследуемых позициях, определяющих фармакогеномные аллели, не было обнаружено альтернативных вариантов, для гена приводится референсный аллель (запись "Reference" или "*1"). Важно понимать, что это не означает отсутствие генетических вариаций во всех позициях гена и не должно ошибочно восприниматься как точное совпадение со всей референсной последовательностью гена.
Если у гена есть хотя бы одна позиция, о которой данные не предоставлены (не удалось определить нуклеотиды варианта у пациента), то для него приводится сноска: "Диплотип предсказан на основании неполных геномных данных".

Диплотип - комбинация двух гаплотипов аллелей одного гена, унаследованных от каждого из родителей. Отражает фармакогенетически значимый вариант генотипа пациента. Диплотипы затем транслируются PharmCAT в соответствующие фенотипы. В случае, если для гена возникла неоднозначность определения аллелей, все выявленные диплотипы записываются на разных строках таблицы.
Функциональность аллелей - описание клинического функционального воздействия найденных аллелей на активность кодируемого геном белка.
Фенотип - интерпретация диплотипа с точки зрения фармакоответчика. Фенотип определяет ожидаемую способность пациента метаболизировать лекарственные средства. Определения возможных фенотипов приведены выше.
Лекарственные средства - перечень препаратов, ассоциированных с данным геном и для которых он имеет клиническое значение. Перечень приводится по данным CPIC и DPWG.

Основным источником информации о диплотипах, функциональности аллелей и фенотипах является Консорциум по внедрению клинической фармакогенетики (Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium; CPIC). Информация из CPIC приводится без пояснений. Если в рекомендациях Голландской рабочей группы по фармакогенетике (Dutch Pharmacogenetics Working Group; DPWG) найдена информация, отличная от информации, предоставленной CPIC, она указывается с соответствующей пометкой "DPWG". На приведённом ниже примере для гена VKORC1 для выявленного диплотипа не найдены рекомендации в CPIC, а в DPWG найдена информация об ответе на препарат:

Генотипы#

Раздел "Генотипы" содержит результаты генотипирования, выполненного PharmCAT, и подробно раскрывает информацию о нуклеотидах в проанализированных позициях геномных данных пациента. Раздел включает список из 18 фармакогенов; для каждого гена приведены обнаруженные фармакогенетически значимые варианты в формате "хромосома: позиция - генотип". Для некоторых генов отображаются предупреждения и комментарии, формируемые PharmCAT.

Если по отдельным позициям нуклеотиды не были определены, такие позиции перечисляются в подразделе "Данные о позиции не предоставлены" в формате "хромосома: позиция".

Дисклеймер#

PharmCAT использует определения аллелей генов, включённые в базу данных CPIC, с модификациями для генов CYP3A4, DPYD, G6PD, SLCO1B1 и RYR1. Подробно эти исключения описаны в соответствующем документе.

CPIC присваивает функциональные статусы аллелям на основе анализа данных из научной литературы, проводимого группой экспертов в фармакогеномике. Цель CPIC - определить такую функциональность аллеля, которая приводит к корректной и клинически значимой интерпретации фенотипа, способной влиять на выбор терапии. Важно учитывать, что клиническая функциональность, назначаемая CPIC, может отличаться от биохимической функциональности, описанной в исследованиях. Например, аллель может демонстрировать небольшое снижение активности в экспериментальных условиях, но это снижение не влияет на назначение препаратов. В таких случаях CPIC классифицирует аллель как аллель нормальной функции. CPIC уделяет приоритетное внимание клинической интерпретации, а не чисто биохимическим данным. Поэтому функциональные категории CPIC всегда следует рассматривать в контексте клинической применимости.

Ген CYP3A4 в настоящий момент не включён в рекомендации CPIC. Поскольку в документации DPWG для CYP3A4 перечислены только ограниченные варианты (*16, *20 и *22), PharmCAT использует определения аллелей, представленные в базе PharmVar. При этом определения аллелей CYP3A4*16, *20 и *22 в DPWG и PharmVar полностью совпадают.

PharmCAT не делает замены отсутствующих в исходных данных геномных позиций на референсные варианты; все пропущенные позиции не учитываются при определении аллелей. Отсутствие информации о геномных позициях в исходных данных может повлиять на предсказание аллелей, диплотипа и фенотипа. Если аллель определяется несколькими геномными вариантами, но в исходных данных присутствует только часть из них, PharmCAT попробует выполнить предсказание на основе доступной информации. Это может привести к выводу нескольких возможных диплотипов с одинаково высоким приоритетом. Кроме того, могут присутствовать альтернативные диплотипы с более низким приоритетом.

В геномных позициях отображаются нуклеотиды с положительной цепи хромосомы независимо от ориентации гена.

PharmCAT сопоставляет геномные варианты с аллелями и диплотипами, предполагая, что данные не фазированы, если только в исходных геномных данных фазирование явно не указано. По умолчанию предполагается, что определённые аллели находятся в транс-конфигурации, то есть на противоположных хромосомах. Однако в случаях, когда аллель определяется комбинацией двух или более вариантов, причём каждый из этих вариантов также может самостоятельно определять аллель, в качестве результата будет выводиться более "длинный" аллель, определяемый большим числом вариантов.

Существуют случаи, когда невозможно однозначно дифференцировать фазированные и не фазированные диплотипы. В таких случаях диплотипы имеют разный приоритет согласно PharmCAT. Диплотип с более высоким приоритетом (более "длинный" аллель) будет использоваться для определения фенотипа. Однако диплотип с более низким приоритетом также возможен. Для перечисленных ниже генов указанные диплотипы на нефазированных данных неотличимы от диплотипов, приведённых в квадратных скобках:

Ген CYP2B6: *1/*36 [*6/*22]; *1/*34 [*33/*36]; *1/*6 [*4/*9]; *1/*7 [*5/*6]; *1/*13 [*6/*8]; *1/*18 [*4/*18];
Ген CYP2C19: *1/*4 [*17/*4]; *1/*2 [*11/*2]; *1/*35 [*15/*35];
Ген CYP2C9: *1/*71 [*10/*22];
Ген CYP3A4: *1/*37 [*3/*22]; *1/*38 [*3/*11];
Ген CYP4F2: *1/*4 [*2/*3];
Ген G6PD: A- 202A_376G/B (reference) [A/Asahi]; B (reference)/Mt Sinai [A/Guadalajara]; B (reference)/Santa Maria [A/Malaga]; Ananindeua/B (reference) [A/Viangchan, Jammu]; B (reference)/Hechi [Asahi/Viangchan, Jammu]; B (reference)/Hermoupolis [Cassano/Union,Maewo, Chinese-2, Kalo];
Ген NUDT15: *1/*2 [*3/*6];
Ген SLCO1B1: *1/*46 [*15/*45]; *1/*20 [*19/*37]; *1/*12 [*2/*10]; *1/*13 [*3/*11]; *1/*14 [*4/*37]; *1/*15 [*5/*37]; *1/*25 [*4/*28]; *1/*31 [*9/*37]; *1/*32 [*4/*24]; *1/*40 [*5/*19]; *1/*43 [*4/*44];
Ген TPMT: *1/*3A [*3B/*3C];
Ген UGT1A1: *1/*80+*28 [*28/*80]; *1/*80+*37 [*37/*80].

См. таблицы случаев, в которых наблюдается совпадение определений аллелей, в документации PharmCAT.

Экспорт отчёта#

Отчёт с результатами фармакогенетического тестирования можно скачать в формате PDF. Для этого нажмите на кнопку в правом верхем углу страницы отчёта.