Перейти к основному содержимому

Шаблоны отчётов

Если вы хотите, чтобы результаты анализа образца были представлены в виде структурированного отчёта с нужной вам информацией, вы можете создать, импортировать или отредактировать шаблон нужного отчёта на странице "Шаблоны отчётов".

На заметку

Количество и вид шаблонов на странице "Шаблоны отчётов" зависит от первоначальных настроек, сделанных администратором Системы.

Чтобы открыть раздел с шаблонами отчётов, перейдите на страницу "Шаблоны отчётов" из блока страниц "Настройки" через панель навигации слева:

Добавление шаблона отчёта#

Нажмите на , чтобы открыть страницу добавления шаблона отчёта:

На странице можно заполнить следующие поля:

  1. Имя отчёта (дает название вкладке с отчётом на странице образца). Обязательно к заполнению.
  2. Применим к образцам - тип образцов (Любые, Опухолевые или Неопухолевые), к которым будет применим данный шаблон.
Внимание!

Значение поля "Применим к образцам" нельзя будет поменять после сохранения шаблона. Выбирайте нужный тип на этапе добавления. Значения всех остальных полей можно поменять в любой момент.

  1. Активен: если переключатель включен , то шаблон будет активным, т.е. будет применен ко всем образцам с типом, соответствующим выбранному в поле "Применим к образцу"; если переключатель выключен , то шаблон будет неактивным, т.е. не будет применен ни к одному загружаемом образцу.
  2. Заголовок отчёта.
  3. Описание отчёта (отображается под заголовком на странице отчёта).

Заполните все необходимые поля и нажмите на , чтобы сохранить шаблон. Если вы покинете страницу, нажав на , или любым другим образом, шаблон не будет сохранен. Страница сохраненного шаблона выглядит так:

Редактирование шаблона отчёта#

Помимо описанных в предыдущем разделе полей ("Имя", "Активен", "Заголовок отчёта", "Описание отчёта") на странице сохраненного шаблона можно отредактировать блоки шаблона.

На заметку

Все изменения в шаблоне применятся к образцам, если те были загружены после внесения изменений или если для них была перезапущена любая стадия анализа после внесения изменений.

Для того чтобы шаблон был активен, в него необходимо добавить хотя бы один блок (помимо включенной опции "Активен").

Добавление блока шаблона#

Для добавления блока шаблона нажмите на окно поиска и выберите из появившегося списка нужный тип блока (подробно описаны ниже):

После выбора типа блока заполните все необходимые поля и нажмите . Для отмены выбора типа блока нажмите .

Типы блоков шаблона отчёта и их редактирование#

Название
типа блока		Тип образцов, к которым применим
тип блока		Описание типаПоля для редактирования / Дополнительная информация
РазделЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с заголов- ком и описани- ем раздела от- чета.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения). Если в отчёте несколько разделов, то они будут автоматически пронумерованы.
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
Информация
о пациенте		Любые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с инфор- мацией о паци- енте, в которого был загружен образец или ко- торый был оп- ределен для об- разца (для за- пусков).Отображаемые поля - поля с информацией о пациенте. Нужно выбрать (отметить галочкой) те поля, которые будут отображаться в отчёте:
1. Код пациента (Patient ID);
2. Имя (First name);
3. Фамилия (Last name);
4. Отчество (Middle name);
5. Дата рождения (Date of birth);
6. Возраст (Age);
7. Пол (Sex);
8. Поставленный диагноз (Diagnosis);
9. Дата постановки диагноза (Date of diagnosis);
10. Комментарии (Comments).
После того, как вы выбрали все нужные поля, кликните вне области заполнения значения.
Информация
об образце		Любые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с инфор- мацией об об- разце, для кото- рого строится отчёт.Отображаемые поля - поля с информацией об образце. Нужно выбрать (отметить галочкой) те поля, которые будут отображаться в отчёте:
1. Имя образца (Short name) - название файла образца без расширения;
2. Тип образца (Sample type);
3. Тип секвенирования (Sequencing type);
4. Дата сбора образцов (Sample collection date);
5. Реагенты Capture Kit (Capture Kit);
6. Локализация образца (Орган) (Sample location);
7. Методика (Methodology);
8. Онкологическое заболевание (Oncological disease) - онкологическое заболевание, которое было определено у пациента на момент взятия материала образца секвенирования (НМРЛ - немелкоклеточный рак легкого; меланома; рак поджелудочной железы; РМЖ - рак молочной железы; рак яичников; рак простаты; анапластический рак щитовидной железы; колоректальный рак);
9. Стадия онкологического заболевания (Onco stage) (I-IV);
10. Уточнение стадии онкологического заболевания (Onco stage details) (рецидив, прогрессирование, неоперабельная, метастазы в головной мозг);
11. Линия терапии (Therapy line) - линия терапии, используемая для лечения онкологического заболевания пациента на момент взятия материала образца секвенирования (1-4 линия, адъювантная или неоадъювантная терапия, периоперационная, предоперационная или индукционная химиотерапия);
12. Комментарии (Comments).
После того, как вы выбрали все нужные поля, кликните вне области заполнения значения.
Информация
о контрольном (неопухоле- вом) образце		ОпухолевыеБлок с инфор- мацией об об- разце, кон- трольном тому, для которого строится отчёт.Отображаемые поля - поля с информацией о контрольном образце. Нужно выбрать (отметить галочкой) те поля, которые будут отображаться в отчёте:
1. Имя образца (Short name) - название файла образца без расширения;
2. Тип образца (Sample type);
3. Тип секвенирования (Sequencing type);
4. Дата сбора образцов (Sample collection date);
5. Реагенты Capture Kit (Capture Kit);
6. Локализация образца (Орган) (Sample location);
7. Методика (Methodology);
8. Онкологическое заболевание (Oncological disease) - онкологическое заболевание, которое было определено у пациента на момент взятия материала образца секвенирования;
9. Стадия онкологического заболевания (Onco stage);
10. Уточнение стадии онкологического заболевания (Onco stage details);
11. Линия терапии (Therapy line) - линия терапии, используемая для лечения заболевания пациента на момент взятия материала образца секвенирования;
12. Комментарии (Comments).
После того, как вы выбрали все нужные поля, кликните вне области заполнения значения.
________________________________________________________________
Блок строится только для опухолевого образца из набора образцов "опухолевый + соответствующий ему неопухолевый образец" (tumor-normal).
Форма- тированный текстЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с любым текстом в формате Markdown.В текст можно вставить определенные автополя, их описание приведено ниже.
ДисклеймерЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с сообще- нием об ограни- чении использо- вания отчёта.Текст - стандратный текст заявления об отказе от клинической ответственности. Текст можно отредактировать. В текст можно вставить определенные автополя, их описание приведено ниже.
Место для подписиЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с местом для подписи врача.Место для подписи в отчёте будет выглядеть так:

Выбранные
пользователем
SNVs/Indels для
добавления в отчёт		Любые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с варианта- ми, которые бы- ли включены в отчёт на страни- це SNV Viewer.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
3. Тип мутации: соматическая или герминальная.
________________________________________________________________
Для включения варианта в отчёт на странице SNV Viewer нужно нажать на кнопку в строке нужного варианта. Включенные в отчёт варианты отмечены галочкой: .
Закрепленные
SNVs/Indels		Любые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с варианта- ми, которые бы- ли закреплены на странице SNV Viewer.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
3. Тип мутации: соматическая или герминальная.
________________________________________________________________
Для закрепления варианта на странице SNV Viewer нужно нажать на кнопку в строке нужного варианта. Закрепленные варианты отмечены так: .
SNVs/Indels,
подходящие
под заданные
условия		Любые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с варианта- ми, которые подходят под условия, задан- ные в блоке.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
3. Тип мутации: соматическая или герминальная.
4. Условия для включения вариантов в отчёт: если варианты в образце подойдут под данные условия, то они будут включены в этот блок отчёта.
Чтобы составить условие, нажмите на . Откроется конструктор запросов, который полностью совпадает с конструктором для поиска вариантов в ре- жиме расширенного поиска на странице SNV Viewer. О том, как составлять условия, можно почитать здесь.
Маркеры им- мунотерапииОпухолевыеБлок, содержа- щий значение мутационной нагрузки опухо- ли.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
Высокая мутационная нагрузка опухоли (tumor mutation burden; TMB) - более 19 мутаций на 1 МБ - свидетельствует в пользу положительного ответа на иммунотерапию. Низкая TMB - менее 6 мутаций на 1 МБ - может указывать на резистентность к иммунотерапии.
Клинические
испытания		Любые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с таблицей активных клини- ческих испыта- ний различных лекарств, техно- логий или диагностических подходов с участием паци- ентов с опреде- ленным феноти- пом из базы ClinicalTrials.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
3. Фенотипы - список фенотипов, клинические испытания по которым вы хотите видеть в отчёте. Названия фенотипов должны быть разделены точкой с запятой (например, "Glioma;Astrocytoma").
4. Фазы испытаний: 1, 2, 3, 4. После того, как вы выбрали все нужные фазы, кликните вне области заполнения значения.
SNVs/Indels по генам списка ACMG SFЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с выявлен- ными в образце вариантами, ко- торые располо- жены в генах из списка вторичных находок (secondary findings; SF) Аме- риканского кол- леджа медицин- ской генетики и геномики (ACMG).1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
3. Тип мутации: соматическая или герминальная.
4. Порог частоты слишком частых патогенных вариантов: рекомендуемое значение по умолчанию - 0,03.
________________________________________________________________
Для этих генов из списка ACMG SF известны специфические мутации, приводящие к расстройствам с определенным фенотипом, на которые можно клинически подействовать с помощью общепринятого вмешательства. ACMG рекомендует сообщать о вариантах, обнаруженных в любом из этих генов, поскольку они имеют медицинское значение и могут быть использованы в будущем для информирования о клиническом лечении.
Подробнее о наполнении этого блока в отчёте можно узнать в соответствующем разделе.
Глиома: варианты уровня IОпухолевыеБлок с сомати- ческими вари- антами и вари- ациями, имею- щими высокую клиническую значимость для глиомы (Уро- вень I; Tier I).1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
В блок входят соматические однонуклеотидные варианты, вариации числа копий и структурные вариации, выявленные в образце и относящиеся к Уровню I классификации соматических вариаций. Уровень I включает вариациии, имеющие высокую клиническую значимость с высоким уровнем доказательств и важные для диагностики и лечения рака.
Глиома: варианты уровня IIОпухолевыеБлок с сомати- ческими вари- антами и вари- ациями, имею- щими потенци- альную клини- ческую значи- мость для гли- омы (Уровень II; Tier II).1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
В блок входят соматические однонуклеотидные вариан- ты, вариации числа копий и структурные вариации, вы- явленные в образце и относящиеся к Уровню II класси- фикации соматических вариаций. Уровень II включает вариации, которые явно играют роль в развитии рака, но эта роль ещё недостаточно доказана.
Глиома: варианты уровня IIIОпухолевыеБлок с сомати- ческими вари- антами и вари- ациями, имею- щими неизвест- ную клиничес- кую значимость для глиомы (Уровень III; Tier III).1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
В блок входят соматические однонуклеотидные вариан- ты, вариации числа копий и структурные вариации, вы- явленные в образце и относящиеся к Уровню III класси- фикации соматических вариаций. Уровень III включает вариации, которые имеют сильное влияние на продукт гена и выявлены в генах, ассоциированных с различны- ми типами раков, отличными от глиомы.
Глиома: предполагае- мый диагнозОпухолевыеБлок с предпо- лагаемым диа- гнозом (типом глиомы), опре- деленным для образца.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
Предполагаемый диагноз и прогнозируемое время выживания основываются на автоматической интерпретации мутаций уровня I и уровня II на основе опубликованных исследований. Предположения опираются на то, что ДНК опухоли была получена из глиомы, поэтому используйте данный блок в отчёте, только если у вас образцы секвенирования глиомы. Если однозначно предположить диагноз не удается, предлагается до трех наиболее вероятных диагнозов.
Глиома: предлагаемые препаратыОпухолевыеБлок с потенци- ально эффектив- ными и неэф- фективными противоопухо- левыми препа- ратами и соот- ветствующими биомаркерами, выявленными в образце.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
Глиома: подробности
о мутациях		ОпухолевыеБлок с описани- ем мутаций, по- павших в блоки "Глиома: вари- анты уровня I" и "Глиома: вари- анты уровня II".1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
Глиома: подробности о панели геновОпухолевыеБлок с инфор- мацией по по- крытию генов, найденных в об- разце и специ- фичных для гли- ом.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
В блоке представлены значения фракции экзонной части самого длинного транскрипта, покрытой по крайней ме- ре 50 секвенированными прочтениями (50X), для генов, ассоциированных с глиомами. Чем выше процент по- крытия, тем более полно был секвенирован транскрипт гена.
Глиома: герминальные патогенные вариантыЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с выявлен- ными в образце герминальными однонуклеотид- ными варианта- ми, которые яв- ляются патоген- ными или веро- ятно патогенны- ми для глиом.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
В блок входят следующие герминальные однонуклеотидные варианты, ассоциированные с глиомами согласно опубликованным исследованиям:
1. Патогенные по данным ClinVar;
2. Вероятно патогенные по данным ClinVar;
3. Оказывающие сильное влияние на продукт гена (Значение эффекта == HIGH);
4. Оказывающие умеренное влияние на продукт гена (Значение эффекта == MODERATE) и имеющие частоту встречаемости в популяции менее 10%;
5. Редкие (имеющие частоту встречаемости в популяции менее 5%).
Глиома: герминальные патогенные варианты для заболеваний, отличных от глиомЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с выявлен- ными в образце герминальными однонуклеотид- ными варианта- ми, которые яв- ляются патоген- ными или веро- ятно патогенны- ми и ассоцииро- ваны с заболе- ваниями, отлич- ными от глиом.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
Глиома: герминальные варианты, ассоциирован- ные с глиомойЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с выявлен- ными в образце герминальными однонуклеотид- ными варианта- ми, ассоцииро- ванными с глио- мами.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
В блок входят герминальные однонуклеотидные варианты, ассоциированные с глиомами согласно опубликованным исследованиям, но не попавшие в блок "Глиома: герминальные патогенные варианты".
Глиома: список литературыОпухолевыеБлок со списком литературы о глиоме.Содержит ссылки на статьи, публикации и книги, посвященные исследованию глиомы.
Герминальные CNV: результатыНеопухолевыеБлок с результа- том выявления герминальных вариаций числа копий (copy number varia- tions; CNV) в об- разце.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Отображать предполагаемый пол: по результатам выявления вариаций числа копий половых хромосом (X, Y) можно сделать предположение о поле пациента. Чтобы добавить результат этого предположения в отчёт, включите переключатель: .
________________________________________________________________
Блок включает сообщение о наличии или отсутствии от- клонения от нормального числа копий в какой-либо хромосоме или плече хромосомы в исследованном об- разце.
Герминальные CNV: интерпретацияНеопухолевыеБлок с интер- претацией ре- зультатов выяв- ления герми- нальных вари- аций числа ко- пий в образце и выводы по ре- зультатам.Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
________________________________________________________________
Блок содержит:
1. таблицу с хромосомами или плечами хромосом, в которых была обнаружена структурная вариация (уменьшение или увеличение числа копий);
2. график по типу кариограммы с обозначенными CNV уровня хромосом;
3. информацию о глубине прочтения генома.
Онко: Онкозначимые SNVs/Indels, выбранные пользователем для добавления в отчётЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с онкозна- чимыми вари- антами, которые были включены в отчёт на стра- нице SNV Viewer.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
Блок содержит таблицу с информацией об онкозначимых вариантах, включенных в отчёт*.
Онкозначимые варианты - варианты, для которых есть клинические рекомендации, собранные на основе данных различных сообществ, изучающих раковые заболевания (RUSSCO, АОР, КР МЗ РФ, NCCN, ESMO).
*Для включения варианта в отчёт на странице SNV Viewer нужно нажать на кнопку в строке нужного варианта. Включенные в отчёт варианты отмечены галочкой: .
Онко: Клинические рекомендации для SNVs/Indels, выбранных пользователем для добавления в отчётЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с клиническими рекомендациями для онкозначимых вариантов, включенных в отчёт на странице SNV Viewer.1. Имя - заголовок раздела (обязательно для заполнения).
2. Описание раздела (будет написано под заголовком раздела).
________________________________________________________________
Блок содержит:
1. поля с выбором (a) онкологического заболения, (b) его стадии и (c) уточнения стадии, которые были определены у пациента на момент взятия материала образца секвенирования; (d) линии терапии, используемой для лечения заболевания пациента на момент взятия материала образца секвенирования, а также (e) класса мутации (4 класса в зависимости от механизма, нарушающего функцию белка);
2. клинические рекомендации, собранные на основе данных различных сообществ, изучающих раковые заболевания (RUSSCO, АОР, КР МЗ РФ, NCCN, ESMO), и соответствующие онкозначимому варианту, включенному в отчёт*, и выбранным онкологическому заболеванию, стадии, уточнению и линии терапии.
*Для включения варианта в отчёт на странице SNV Viewer нужно нажать на кнопку в строке нужного варианта. Включенные в отчёт варианты отмечены галочкой: .
SNVs/Indels по фенотипам ClinVarЛюбые, Опухолевые, НеопухолевыеБлок с фенотипами из базы ClinVar и связанными с ними рекоменда- циями.1. Фенотипы ClinVar - таблица фенотипов из базы ClinVar, соответственно которым в отчёте будет представлена информация о патогенных вариантах, выявленных в образце, которые повышают риск развития этих фенотипов. Чтобы добавить фенотип, нажмите на и заполните открывшуюся форму:
1. MedGen ID - идентификатор фенотипа из базы MedGen (например, "C0745103").
2. Имя в ClinVar - название фенотипа из базы ClinVar. Название должно быть в точности как в базе, например: "Hypercholesterolemia, familial, 1". Использовать имя в ClinVar имеет смысл, если MedGen ID для фенотипа неизвестен, иначе предпочтительнее указывать ID.
Для добавления фенотипа обязательно нужно заполнить одно из полей "MedGen ID" или "Имя в ClinVar".
3. Имя в отчёте - название фенотипа, которое будет отображаться в отчёте.
4. Рекомендации - рекомендации, связанные с фенотипом, которые могут помочь пациенту снизить риски возникновения этой патологии. Текст рекомендаций поддерживается в формате Markdown.
После заполнения всех обязательных полей нажмите . Таким же образом можно добавить сколько угодно фенотипов.
2. Тип мутации: соматическая или герминальная.
3. Порог частоты крайне редких патогенных вариантов: рекомендуемое значение по умолчанию - 0,01.
4. Порог частоты слишком частых патогенных вариантов: рекомендуемое значение по умолчанию - 0,15.
5. Порог достоверности. Достоверность выявления варианта рассчитывается как (1 - Bin(n; m; p; 1)),
где Bin(n; m; p; 1) - это рассчитанная на основе биномиального распределения вероятность того, что вариант встретится ровно n раз среди m представителей (образцов пациентов) популяции;
n - количество представителей популяции (образцов пациентов), у которых был выявлен данный вариант;
m - общее количество представителей (образцов пациентов) в популяции;
p - вероятность встретить вариант среди представителей человеческой популяции (суммарная частота аллеля в базе данных gnomAD 3). Если данных о частоте в популяции нет, то вероятность принимается за 0,001.
Значения n и m берутся из пользовательской базы частот (если она не была загружена в систему, порог достоверности для фильтрации вариантов применяться не будет). Рекомендуемое значение по умолчанию - 0,01.

Автополя в блоках "Форматированный текст" и "Дисклеймер"#

Автополе - это определенный маркер в фигурных скобках, который, если вставить его в текст блока шаблона, будет автоматически заполняться определенным значением в готовом отчёте. Например, если вставить в текст блока шаблона {url}, то в тексте отчёта на месте этого автополя появится URL-адрес текущей страницы (по сути это будет ссылка на страницу образца). Значения в уже готовом отчёте будут меняться по мере изменения соответствующих данных о пациенте или образце, для их обновления перезапускать генерацию отчёта не нужно.

Список возможных автополей и их значений:

  • {url} - адрес текущей страницы;
  • {ReportName} - имя отчёта (задается на странице шаблона отчёта);
  • {patient.code} - код пациента (задается при создании пациента, может быть изменен на странице пациента);
  • {patient.firstName} - имя пациента (задается при создании пациента или на странице пациента);
  • {patient.middleName} - отчество пациента (задается на странице пациента);
  • {patient.lastName} - фамилия пациента (задается при создании пациента или на странице пациента);
  • {patient.dateOfBirth} - дата рождения пациента (задается на странице пациента);
  • {patient.age} - возраст пациента (определяется на странице пациента);
  • {patient.sex} - пол пациента (задается на странице пациента);
  • {patient.diagnosis} - поставленный пациенту диагноз (задается на странице пациента);
  • {patient.dateOfDiagnosis} - дата постановки диагноза пациента (задается на странице пациента);
  • {patient.comments} - комментарии к карточке пациента (добавляются на странице пациента);
  • {sample.sampleName} - название образца (имя файла без расширения; может быть изменено на странице образца);
  • {sample.sampleType} - тип образца: NORMAL или TUMOR (выбирается при загрузке образца, может быть изменен в окне редактирования набора образцов или при выборе другого типа в строке образца для запусков);
  • {sample.sequencingType} - тип секвенирования образца (определяется автоматически, может быть основан на типе секвенирования и реагентах Capture Kit, выбранных на этапе создания набора образцов, может быть изменен на вкладке "Параметры" образца);
  • {sample.sampleCollectionDate} - дата сбора образцов (задается на странице образца);
  • {sample.captureKit} - реагенты Capture Kit (определяются автоматически или на этапе загрузки образца, могут быть изменены на вкладке "Параметры" образца);
  • {sample.methodology} - методика выделения образца (задается на странице образца);
  • {sample.oncologicalDisease} - онкологическое заболевание, которое было определено у пациента на момент взятия материала образца секвенирования (задается на странице образца);
  • {sample.oncoStage} - стадия онкологического заболевания, которая была определена у пациента на момент взятия материала образца секвенирования (задается на странице образца);
  • {sample.oncoStageDetails} - уточнение стадии онкологического заболевания, которое было определено у пациента на момент взятия материала образца секвенирования (задается на странице образца);
  • {sample.therapyLine} - линия терапии, используемая для лечения заболевания пациента на момент взятия материала образца секвенирования (задается на странице образца);
  • {sample.comments} - комментарии к образцу (добавляются на странице образца).
СОВЕТ

По правилам Markdown для перехода на новую строку в тексте используйте два пробела.

Добавленный блок шаблона#

Добавленный блок шаблона выглядит следующим образом (пример - блок "Информация об образце"):

Сверху написано название блока, а в основной части приведена информация о его содержании.

Перемещение блока в шаблоне#

Для того чтобы поднять добавленный блок выше в шаблоне (выше предыдущего блока) нажмите на , а чтобы опустить ниже - нажмите на .

Редактирование блока шаблона#

Для того чтобы отредактировать добавленный блок нажмите на , отредактируйте, а затем нажмите для сохранения изменений. Для отмены внесенных изменений нажмите .

Удаление блока шаблона#

Для того чтобы удалить добавленный блок нажмите на , а затем на в появившемся окне подтверждения. Для отмены удаления нажмите или вне окна подтверждения.

Экспорт шаблона отчёта#

Опция эспорта доступна на странице шаблона, если в сохраненный шаблон был добавлен хотя бы один блок. Чтобы экспортировать шаблон отчёта в формате JSON, нажмите на .

Импорт шаблона отчёта#

Чтобы импортировать шаблон отчёта в систему, нажмите на на странице "Шаблоны отчётов". Перетащите файл шаблона в формате JSON в открывшееся окно или нажмите на окно, чтобы открыть диспетчер файлов. После загрузки нажмите на .

Удаление шаблона отчёта#

Чтобы удалить шаблон отчёта, наведите курсор на строку этого шаблона на странице "Шаблоны отчётов" и нажмите на появившуюся корзину , а затем на в появившемся окне подтверждения. Для отмены удаления нажмите или вне окна подтверждения.

О построении отчёта#

Отчёт строится для образца, если выполняются следующие условия:

  1. Тип образца соответствует типу, к которому применим шаблон отчёта (Любые, Опухолевые или Неопухолевые).
  2. Анализ образца успешно завершился (то есть все стадии анализа имеют статус "Завершено").
  3. Для образца были получены необходимые для построения отчёта результаты. Если шаблон включает блоки, зависящие от определенных стадий анализа, (блоки с SNVs/Indels, вариациями числа копий, структурными вариациями или полигенными признаками), то построение отчёта будет зависеть от выполнения хотя бы одной из соответствующих стадий анализа образца. Блоки отчёта, зависящие от результатов стадий, не включенных в ход анализа, в отчёт не войдут. Так, если шаблон отчёта включает блок "Герминальные CNV: результаты", то построение этого блока будет зависеть от успешного завершения стадии "Выявление вариации числа копий".
  4. Шаблон отчёта активен.
  5. Шаблон отчёта имеет хотя бы один добавленный блок.
  6. Шаблон отчёта был добавлен раньше, чем был обработан образец.

Отчёт делится на разделы и блоки. Если вы не добавили ни одного блока "Раздел" в шаблон, то все блоки будут автоматически пронумерованы соответственно расположению в шаблоне (1, 2, 3, ...). Добавленные в шаблон разделы также нумеруются соответственно своему расположению в шаблоне (1, 2, 3, ...). Входящие в раздел блоки нумеруются соответственно расположению в шаблоне и в зависимости от номера раздела (1.1, 1.2, 1.3, ...). Если блок не был включен в итоговый отчёт, то он не учитывается в нумерации.