Выравнивания

Секция "Выравнивания" содержит прочтения образца, картированные на референсный геном и полученные в результате стадии анализа "Выравнивание".

Результаты выравнивания прочтений образца представлены в следующем виде:

Файл c выравниваниями в формате BAM (Binary Alignment Map). Чтобы скачать файл, нажмите на .
Индексный файл для выравнивания в формате BAI. Файл требуется для некоторых инструментов. Чтобы скачать файл, нажмите на .
Integrative Genomics Viewer (IGV) - встроенный модуль визуализации прочтений на геноме. Чтобы открыть модуль, нажмите на .

Визуализация в IGV: снижение копийности участка на примере делеции:

На заметку

Если вы хотите добавить в вашу десктопную версию IGV трек выравнивания, полученного в результате анализа загруженного вами образца в Genomenal, вы можете сделать это через ссылку. Для этого сделайте следующее:

Нажмите правой кнопкой мыши на и выберите опцию "Копировать адрес ссылки".
Загрузите трек через URL в вашу десктопную версию IGV, как это описано здесь.
Нажмите правой кнопкой мыши на кнопку индексного файла для выравнивания и выберите опцию "Копировать адрес ссылки".
Добавьте URL индексного файла в соответствующее поле в IGV.
Нажмите "OK". Готово! Трек выравнивания образца добавлен в IGV.

На заметку

В IGV доступен поиск BLAT - быстрый поиск последовательностей с уровнем сходства ≥95% и длиной от 25 оснований. Чтобы выполнить поиск, нажмите правой кнопкой мыши на выровненном прочтении и выберите одну из опций: BLAT read sequence, BLAT right-soft clipped sequence или BLAT left-soft clipped sequence.

По умолчанию используется локальная версия BLAT, которая может работать медленно. Чтобы переключиться на удалённый BLAT-сервис (igv.org):

В браузере на странице Genomenal откройте инструменты разработчика браузера (Ctrl+Shift+I или F12).
Перейдите на вкладку Console.
Выполните команду: localStorage.setItem("BLAT_USE_IGV_ORG", "true").
Заново откройте IGV.

После этого поиск BLAT будет выполняться через удалённый сервис в данном браузере.