Выравнивания

Секция "Выравнивания" содержит прочтения образца, картированные на референсный геном. Впоследствии в ходе анализа именно эти прочтения используются для выявления вариаций.

Результаты выравнивания прочтений образца представлены в следующем виде:

1. Файл c выравниваниями в формате BAM (Binary Alignment Map). Чтобы скачать файл, нажмите на .
2. Индексный файл для выравнивания в формате BAI. Файл требуется для некоторых инструментов. Чтобы скачать файл, нажмите на .
3. Integrative Genomics Viewer (IGV) - встроенный модуль визуализации прочтений на геноме. Чтобы открыть модуль, нажмите на .

Визуализация в IGV: снижение копийности участка на примере делеции:

На заметку

Если вы хотите добавить в вашу десктопную версию IGV трек выравнивания, полученного в результате анализа загруженного вами образца в Genomenal, вы можете сделать это через ссылку. Для этого сделайте следующее:

1. Нажмите правой кнопкой мыши на и выберите опцию "Копировать адрес ссылки".
2. Загрузите трек через URL в вашу десктопную версию IGV, как это описано здесь.
3. Нажмите правой кнопкой мыши на кнопку индексного файла для выравнивания и выберите опцию "Копировать адрес ссылки".
4. Добавьте URL индексного файла в соответствующее поле в IGV.
5. Нажмите "OK". Готово! Трек выравнивания образца добавлен в IGV.