SNV Viewer

Знакомство с SNV Viewer#

SNV Viewer - это встроенный модуль для просмотра и анализа однонуклеотидных вариантов (single-nucleotide variants; SNVs) и коротких инсерций/делеций (Indels), выявленных в образце. Доступен на главной странице образца (вкладка Главное).

На странице образца опухолевой ткани вы найдете два SNV Viewer: с соматическими SNVs/Indels, выявленными у этого образца, и с герминальными SNVs/Indels, которые были выявлены в контрольном образце в случае пары образцов опухоль/контроль или в самом опухолевом образце, если он анализировался без контрольного образца. В SNV Viewer с соматическими мутациями можно также увидеть и SNVs/Indels из SNV Viewer с герминальными мутациями, если поменять значение фильтра по типу мутации с Somatic на Germline или сбросить фильтрацию по нему.

На странице образца неопухолевой ткани представлен SNV Viewer только с герминальными SNVs/Indels, выявленными у этого образца:

Основная страница#

Нажав на кнопку , вы попадете на основную страницу модуля:

На заметку

Вид некоторых функций SNV Viewer может быть изменён на странице "Настройки пользователя".

Основным объектом SNV Viewer является таблица с вариантами - каждый вариант на новой строчке:

Под таблицей, над панелью детальной информации о варианте находятся:

Информация о количестве вариантов в SNV Viewer: порядок вариантов, отображённых на странице, (например, если максимальное количество вариантов, показываемых на странице, - 50, то порядок будет таким: 1-50, 51-100 и т.д.) и суммарное количество вариантов (закреплённые варианты в подсчёте не учитываются). Количество вариантов изменяется при поиске вариантов, при котором отображается количество вариантов, подходящих под заданные условия.
Компонент с выбором количества вариантов, отображаемых на странице (без учёта закреплённых
вариантов): . По умолчанию отображается 50 вариантов на странице. Чтобы изменить количество отображаемых на странице вариантов на 20, 100 или 200, нажмите на соответствующую опцию. Ваш выбор будет запомнен и будет действовать для SNV Viewer и CNV Viewer всех образцов. Обратите внимание, что чем больше вариантов отображается на странице, тем дольше она будет загружаться.
Компонент пагинации: , который позволяет перемещаться между страницами с вариантами. Номер открытой страницы выделен синим кружком. Если нажать на этот номер, то страница перезагрузится. Чтобы переместиться на страницу с конкретным номером, либо нажмите на этот номер, либо нажмите на , введите нужный номер и нажмите клавишу ввода или кликните вне области заполнения значения. Чтобы переместиться на предыдущую по номеру страницу, нажмите на , а чтобы открыть следующую - нажмите на .

Информация о варианте#

Помимо представленной в таблице информации (см. Описание колонок таблицы), для каждого варианта есть несколько встроенных модулей с дополнительной информацией:

Панель детальной информации о варианте. Чтобы увидеть панель, нажмите на строку варианта:

Подробнее с панелью и её вкладками можно ознакомиться в соответствующем разделе.

Страница детальной информации о варианте. Для открытия страницы нажмите на в строке варианта. На странице можно добавить интерпретацию для варианта, определить его патогенность и найти дополнительные сведения о варианте. Страница может включать следующие разделы:

Подробную аннотацию варианта.
Информацию об образце и пациенте.
Информацию о встречаемости варианта в других образцах.
ACMG классификацию - включает критерии для интерпретации вариантов, разработанные ACMG. Подробнее страница "ACMG классификация" описана в соответствующем разделе. На страницу можно попасть напрямую, нажав на кнопку патогенности (, если класс патогенности этого варианта ранее не определялся) в строке варианта (колонка "Патогенность") и в появившемся диалоге нажав на "ACMG Классификация":

Научные публикации, ассоциированные с вариантом.
Клинические рекомендации. Страница доступна, если вариант является онкозначимым. На страницу можно попасть напрямую, нажав на в строке варианта (колонка "Онкозначимость" - может быть добавлена в режиме редактирования колонок).
Отчёт о варианте.

Модуль визуализации варианта в геноме (IGV). Чтобы открыть встроенный модуль, нажмите на в строке варианта.

Закрепление вариантов#

Нужные варианты можно закрепить. На закрепленные варианты не влияют фильтрация и сортировка всей таблицы вариантов, они всегда остаются вверху таблицы. На видимость закрепленных вариантов в таблице может повлиять только фильтр по типу мутации (например, закрепленные герминальные варианты не будут отображаться в таблице, отфильтрованной по соматическому типу мутации). Между собой закрепленные варианты отсортированы по стартовой позиции варианта (колонка "Позиция").

Чтобы закрепить вариант, нажмите на в строке варианта. Закрепленный вариант окажется вверху таблицы (строка подсвечена зелёным):

Чтобы открепить вариант, нажмите на ту же кнопку в строке варианта.

Закрепить или открепить вариант можно также с помощью горячих клавиш клавиатуры. Для этого выберите строку варианта (выбранная строка подсвечена синим) и нажмите P (латинскую) на клавиатуре.

На заметку

Закрепление варианта сохраняется при выходе со страницы SNV Viewer.

Скрытие вариантов#

Варианты можно скрыть из таблицы SNV Viewer. Чтобы это сделать, нажмите на в строке варианта. Скрытые варианты будут доступны только при применении особого условия фильтрации.

Фильтрация по видимости вариантов: в правом верхнем углу страницы SNV Viewer (независимо от режима поиска вариантов) находится кнопка фильтра по видимости вариантов: (состояние по умолчанию):

По умолчанию в таблице SNV Viewer показываются только видимые (не скрытые) варианты (опция фильтра "Без скрытых").
Чтобы увидеть в таблице все варианты, выявленные и аннотированные в образце, нажмите на кнопку фильтра и выберите опцию "Показать все". Тогда в таблице отобразятся все варианты, включая скрытые. У видимых вариантов в строке есть кнопка для скрытия: , а у скрытых - кнопка для показа: .
Чтобы увидеть только скрытые варианты, нажмите на кнопку фильтра и выберите опцию "Только скрытые".

На заметку

Закрепленные варианты - всегда видимые. При этом они отображаются в таблице при любом условии фильтрации по видимости варианта.

Чтобы сделать скрытый вариант обратно видимым, нажмите на в его строке.

Скрыть или показать вариант можно также с помощью горячих клавиш клавиатуры. Для этого выберите строку варианта (выбранная строка подсвечена синим) и нажмите H (латинскую) на клавиатуре.

На заметку

При закреплении скрытого варианта он не только становится закрепленным в таблице SNV Viewer, но также и видимым.

Включение вариантов в отчёт#

Включенные в отчёт варианты будут входить в блоки отчётов с типом "Выбранные пользователем SNVs/Indels для добавления в отчёт". Для включения варианта в отчёт нажмите на в строке варианта. Для исключения варианта из отчёта нажмите на ту же кнопку в строке варианта. Также включенные в отчёт варианты можно удалить из отчёта на странице самого отчёта.

Включить вариант в отчёт или исключить его из отчёта можно также с помощью горячих клавиш клавиатуры. Для этого выберите строку варианта (выбранная строка подсвечена синим) и нажмите R на клавиатуре.

На заметку

При определении варианта как патогенного или вероятно патогенного он автоматически добавляется в отчёт.

Метка значимости варианта#

Вариант можно интерпретировать по его значимости (клинической или для вашего исследования и т.п.) Для этого добавьте колонку "Метка" в режиме редактирования колонок (не входит в число колонок по умолчанию). Колонка содержит кнопку метки ("Значимость не определена", если значение метки не было определено).

Чтобы интерпретировать вариант по значимости, нажмите на кнопку метки и в появившемся списке выберите нужное значение:

В дальнейшем значимость можно будет переопределить тем же способом или очистить, нажав на кнопку метки и выбрав опцию "Очистить":

В результате интерпретации варианта по значимости кнопка метки поменяет цвет:

Высокая значимость:
Средняя значимость:
Низкая значимость:
Ошибка секвенирования:

Варианты можно сортировать по значимости: от высокой значимости к ошибке секвенирования, нажав на название колонки "Метка" один раз, и наоборот, нажав на название два раза. Кроме того, варианты можно фильтровать по значимости:

фильтр "Label" в режиме расширенного поиска;
дополнительный фильтр "Метка" в режиме базового поиска (можно добавить на странице "Профиль").

Поиск и сортировка вариантов#

Поиск вариантов в SNV Viewer описан в соответствующих разделах Базовый поиск вариантов и Расширенный поиск вариантов.

По умолчанию таблица отсортирована по стартовой позиции варианта (колонка "Позиция"). Таблицу можно сортировать по возрастанию или убыванию значений следующих колонок:

колонки по умолчанию: "Локус", "Тип мутации", "Позиция", "Экзон", "Глубина (Альт/Реф)", "Эффект варианта", "gnomAD 3 AF", "Патогенность";
все колонки, не добавленные по умолчанию.

Для сортировки таблицы по значениям колонки нажмите на её название (нажмите один раз, чтобы отсортировать по возрастанию, или два раза, чтобы отсортировать по убыванию). После этого у названия колонки появится стрелка (при сортировке по возрастанию) или (при сортировке по убыванию).

Таблицу можно отсортировать по 1-3 колонкам одновременно, чтобы сгруппировать данные с одинаковыми значениями в одной колонке, а затем отсортировать эти группы с одинаковыми значениями по другой колонке. Порядок сортировки будет зависеть от порядка нажатия на названия соответствующих колонок. Стрелочка сортировки будет у той колонки, по которой сортировали последней.

На заметку

Сортировка и фильтрация таблицы сохраняются при выходе со страницы SNV Viewer.

Для сброса сортировки возпользуйтесь кнопкой очистки всех фильтров: . Обратите внимание, что при этом сбросится и фильтрация вариантов.

Основным принципом сортировки является сортировка по алфавиту для колонок с текстовыми значениями (например, колонка "Локус") или сортировка от минимального к максимальному и наоборот для колонок с числовыми значениями (например, колонка "gnomAD 3 AF"). Однако для некоторых колонок сортировка особенная:

Колонка "Эффект варианта": сортировка от наиболее значимого эффекта к наименее значимому: Transcript ablation, Splice acceptor, Splice donor, Stop gained, Frameshift, Stop lost, Start lost, Transcript amplification, Inframe insertion, Inframe deletion, Missense, Protein altering, Splice region, Incomplete terminal codon, Start retained, Stop retained, Synonymous, Coding sequence, Зрелая миРНК, 5'-НТО, 3'-НТО, Non coding transcript exon, Intron, NMD transcript, Non coding transcript, Upstream, Downstream, TFBS ablation, TFBS amplification, TF binding site, Regulatory region ablation, Regulatory region amplification, Feature elongation, Regulatory region variant, Feature truncation, Intergenic variant, Splice donor 5th base variant, Splice donor region variant, Splice polypyrimidine tract variant, Unknown. Составные значения (включающие несколько эффектов) сортируются по наименее значимому значению из списка.
Колонка "Патогенность": сортировка от патогенного к доброкачественному варианту: Патогенный, Вероятно патогенный, Конфликт: противоречивые интерпретации патогенности, Неопределенная значимость, Вероятно доброкачественный, Доброкачественный.
Колонка "Значение эффекта" (не добавлена по умолчанию, значения описаны здесь): сортировка от высокого до незначительного эффекта: HIGH, MODERATE, LOW, MODIFIER.
Колонка "Genome position" (не добавлена по умолчанию): сортировка по значимости расположения варианта в геноме: Exonic (в экзоне), Intronic (в интроне), Intergenic (в межгенной области).
Колонка "Метка" (не добавлена по умолчанию, описана здесь): сортировка от значимых вариантов к незначимым: (высокая значимость), (средняя значимость), (низкая значимость), (ошибка секвнирования).
Колонка "Фильтры детекции" (не добавлена по умолчанию, описана здесь): сортировка от не прошедших фильтрацию вариантов до удовлетворяющих всех фильтрам: FAIL, N/A, PASS.
Колонка "ClinVar" (не добавлена по умолчанию, описана здесь): сортировка от безусловно значимых вариантов к незначимым:

Патогенный;
Патогенный с низкой пенетрантностью;
Вероятно патогенный;
Вероятно патогенный с низкой пенетрантностью;
Составные значения, включающие "Патогенный" или "Патогенный с низкой пенетрантностью";
Составные значения, включающие "Вероятно патогенный" или "Вероятно патогенный с низкой пенетрантностью";
Неопределенная значимость;
Конфликт (Противоречивые интерпретации патогенности или Противоречивые данные от отправителей);
Аллель установленного риска;
Аллель вероятного риска;
Аллель неопределенного риска;
Фактор риска;
Влияет;
Лекарственная реакция;
Ассоциация;
Даёт чувствительность;
Защитный;
Вероятно доброкачественный;
Ассоциация не найдена;
Доброкачественный;
Другое;
Не предоставлена.

Составные значения (кроме тех, которые включают значения "Патогенный", "Патогенный с низкой пенетрантностью", "Вероятно патогенный" или "Вероятно патогенный с низкой пенетрантностью") сортируются по наиболее значимому значению из списка.

Колонка "ENIGMA" (не добавлена по умолчанию, описана здесь): сортировка от значимых вариантов к незначимым: Патогенный, Вероятно патогенный, Вероятно доброкачественный, Доброкачественный, Не предоставлена. Составные значения сортируются по наиболее значимому значению из списка.

Горячие клавиши в SNV Viewer#

В SNV Viewer можно взаимодействовать с вариантами с помощью горячих клавиш клавиатуры. Чтобы воспользоваться горячими клавишами, нажмите на строку одного из вариантов в таблице или нажмите на одну из клавиш S, W, ⬇️ или ⬆️, чтобы выбрать первый вариант в таблице.

Доступные горячие клавиши

Нажмите эту клавишу	Для этого
S или ⬇️	Перемещение к строке следующего варианта (или первого варианта в таблице, если ни один вариант не был выбран)
W или ⬆️	Перемещение к строке предыдущего варианта (или первого варианта в таблице, если ни один вариант не был выбран)
P	Закрепление/открепление варианта
H	Скрытие/показ варианта
R	Включение варианта в отчёт или исключение варианта из отчёта

Экспорт вариантов#

SNV Viewer позволяет экспортировать варианты в формате CSV:

Экспорт всех вариантов: нажмите на и выберите опцию "Все":

Экспорт вариантов, подходящих под определенное условие: отфильтруйте нужные варианты с помощью Базового или Расширенного поиска, а затем нажмите на и выберите опцию "Все":

Экспорт только закрепленных вариантов: закрепите нужные варианты, а затем нажмите на и выберите опцию "Только закрепленные":

На заметку

Если ни один вариант не был закреплен в SNV Viewer, то опции "Только закрепленные" не будет в списке опций экспорта.

Экспорт только модифицированных вариантов: нажмите на и выберите опцию "Только модифицированные":

Модифицированные варианты - это варианты, для которых было сделано любое из следующих действий:

вариант закреплен в таблице SNV Viewer;
вариант включен в отчёт;
для варианта добавлена интерпретация;
для варианта определена патогенность;
вариант интерпретирован по значимости.

На заметку

Если таблица с вариантами отфильтрована по какому-либо условию, то в таблицу экспортируемых модифицированных вариантов войдут только те модифицированные варианты, которые подходят под это условие. Исключение составляют закрепленные варианты, на видимость в таблице которых может повлиять только фильтр по типу мутации.

Чтобы экспортировать все модифицированные варианты без учёта фильтрации, нажмите на и выберите опцию "Только модифицированные без фильтрации":

Описание колонок таблицы#

По умолчанию таблица включает следующие колонки (набор и порядок колонок можно изменить - то, как это сделать, описано здесь):

Локус - название гена, в котором располагается вариант. Если ген неизвестен, локус обозначается следующим образом: . Название гена можно скопировать в буфер обмена. Для этого наведите курсор на значение колонки и нажмите на .
Тип мутации (соматическая или герминальная).

На заметку

Колонка "Тип мутации" отсутствует в SNV Viewer с герминальными мутациями и в SNV Viewer с соматическими мутациями, если включен фильтр "Origin является SOMATIC".

Позиция - координаты варианта в геноме (хромосома + начальная позиция). Позицию варианта можно скопировать в буфер обмена. Для этого наведите курсор на значение колонки и нажмите на .
HGVSp - аминокислотная замена в номенклатуре HGVS (префикс “p.” (protein) + референсная аминокислота + позиция аминокислоты в белке + новая аминокислота, получившаяся в результате замены). Аминокислоты записаны в однобуквенной кодировке. При наведении курсора на значение колонки "HGVSp" для варианта можно увидеть транскрипт, для которого была предсказана замена, и HGVSp с трёхбуквенным обозначением аминокислот:

На заметку

Если вам удобнее пользоваться трёхбуквенной кодировкой аминокислот, добавьте колонку "HGVSp (long)" в окне выбора колонок и скройте колонку "HGVSp (short)".

Замена - нуклеотидная замена (референсный аллель > альтернативный аллель).
HGVSc - нуклеотидная замена в номенклатуре HGVS (геномная позиция замещенного нуклеотида + референсный аллель > альтернативный аллель). Начинается с префикса “c.” (coding; для замены в кодирующей последовательности) или “n.” (non-coding; для замены в некодирующей последовательности). При наведении курсора на значение колонки "HGVSс" для варианта можно увидеть, для какого транскрипта предсказана замена (приведены идентификаторы транскриптов из Ensembl (ENSTxxxxxxxxxxx) и RefSeq (NM_)):

Экзон - номер экзона в транскрипте, который вариант затронул.
Глубина (Альт/Реф) - глубина секвенирования; общее количество прочтений последовательности, перекрывающих позицию варианта, для этого образца. Альт - количество раз, когда считывался альтернативный нуклеотид, Реф - количество раз, когда считывался референсный нуклеотид. Также приведен процент доли количества прочтений альтернативного аллеля среди всех прочтений (Альт/Глубина).

Ячейки колонки раскрашены в зависимости от значения глубины:

зелёным, если глубина > 60;
жёлтым, если 20 ≤ глубина ≤ 60;
красным, если глубина < 20.

GT (генотип) - значения аллелей (0 - референсный аллель, 1 - первый альтернативный аллель, 2 - второй альтернативный аллель и т.д.), разделенные ”/” (для нефазированного генотипа) или “|” (для фазированного генотипа).
Эффект варианта - последствия варианта для генов.

Эффекты варианта в аннотации#

Эффект варианта	Определение	Значение эффекта*
3'-НТО	Вариант попадает в 3′-нетранслируемую область	MODIFIER
5'-НТО	Вариант попадает в 5′-нетранслируемую область	MODIFIER
Зрелая миРНК	Вариант попадает в транскрипт, расположенный в последовательности зрелой миРНК	MODIFIER
Coding sequence	Вариант располагается в кодирующей последовательности	MODIFIER
Downstream	Вариант расположен после гена	MODIFIER
Feature elongation	Вариант вызывает удлинение геномной области	MODIFIER
Feature truncation	Вариант вызывает уменьшение геномной области	MODIFIER
Frameshift	Инсерция или делеция, вызывающая сдвиг рамки считывания	HIGH
Incomplete terminal codon	Вариант, в котором изменено по крайней мере одно основание стоп-кодона не полностью аннотированного транскрипта	LOW
Inframe deletion	Делеция одного или нескольких кодонов	MODERATE
Inframe insertion	Вставка одного или нескольких кодонов	MODERATE
Intergenic variant	Вариант попадает в межгенную область	MODIFIER
Intron	Вариант расположен в интроне	MODIFIER
Missense	Вариант приводит к появлению кодона, который кодирует другую аминокислоту	MODERATE
NMD transcript	Вариант попадает в транскрипт, восприимчивый к нонсенс-опосредованному распаду	MODIFIER
Non coding transcript	Вариант расположен в некодирующем транскрипте	MODIFIER
Non coding transcript exon	Вариант изменяет последовательность некодирующего экзона в некодирующем транскрипте	MODIFIER
Protein altering	Вариант, для которого предсказано, что он изменяет кодируемый белок	MODIFIER
Regulatory region ablation	Делеция регуляторной области	HIGH
Regulatory region amplification	Амплификация регуляторной области	HIGH
Regulatory region variant	Вариант попадает в регуляторную область	MODIFIER
Splice acceptor	Вариант попадает в акцепторный сайт сплайсинга	HIGH
Splice donor	Вариант попадает в донорный сайт сплайсинга	HIGH
Splice donor 5th base variant	Вариант приводит к изменению ориентации транскрипта в 5-й паре оснований от начала интрона	LOW
Splice donor region variant	Вариант попадает в область между 3-й и 6-й парами оснований после сайта сплайсинга (5'-конец интрона)	LOW
Splice polypyrimidine tract variant	Вариант находится в полипиримидиновом тракте на 3'-конце интрона между 17-й и 3-й парами оснований от конца (от -3 акцептора до -17 акцептора)	LOW
Splice region	Вариант, в котором произошло изменение в области сайта сплайсинга либо в пределах 1-3 оснований экзона, либо 3-8 оснований интрона	LOW
Start lost	Вариант вызывает мутацию старт-кодона в non-start кодон	HIGH
Start retained	Вариант вызывает мутацию старт-кодона в другой старт-кодон	LOW
Stop gained	Вариант приводит к появлению стоп-кодона	HIGH
Stop lost	Вариант вызывает мутацию стоп-кодона в non-stop кодон	HIGH
Stop retained	Вариант вызывает мутацию стоп-кодона в другой стоп-кодон	LOW
Synonymous	Вариант приводит к появлению кодона, который кодирует ту же аминокислоту	LOW
TF binding site	Вариант попадает в сайт связывания транскрипционного фактора (ССТФ)	MODIFIER
TFBS ablation	Делеция ССТФ	HIGH
TFBS amplification	Амплификация ССТФ	HIGH
Transcript ablation	Делеция транскрипта	HIGH
Transcript amplification	Амплификация области, содержащей транскрипт	HIGH
Upstream	Вариант расположен перед геном	MODIFIER

Ячейки колонки "Эффект варианта" раскрашены в зависимости от значения эффекта*:

красным, если значение эффекта HIGH;
жёлтым, если значение эффекта MODERATE;
без цвета, если значение эффекта LOW или MODIFIER.

Значения, включающие несколько эффектов варианта, обозначены звездочкой. При наведении курсора на ячейку можно увидеть полный список эффектов:

*Значение эффекта - предсказанное воздействие варианта на белок. Колонка не добавлена в таблицу по умолчанию, её можно добавить в окне выбора колонок.

Значения эффектов варианта в аннотации#

Значение эффекта	Определение
HIGH	Вариант разрушающе влияет на белок, предположительно вызывая укорочение белка, потерю его функции или нонсенс-опосредованный распад мРНК
MODERATE	Вариант изменяет эффективность белка
LOW	Вариант безвреден для белка или не меняет его поведение
MODIFIER	Предсказание влияния варианта на белок затруднено или нет доказательства влияния варианта (обычно для вариантов, попадающих в некодирующие последовательности)

Ячейки колонки "Значение эффекта" раскрашены соответственно:

красным, если значение эффекта HIGH;
жёлтым, если значение эффекта MODERATE;
без цвета, если значение эффекта LOW или MODIFIER.

Внешние ссылки - ссылки на вариант в базах данных dbSNP: , VarSome: , ClinVar: , COSMIC: (если база была загружена в виде пользовательской аннотации), Franklin: , UCSC: , gnomAD 3: ,
RUSeq: (если база была загружена в виде пользовательской аннотации). В ячейке может быть до трёх кнопок-ссылок максимум. Если вариант найден более, чем в трёх базах, то в ячейке появляются три точки , нажав на которые можно увидеть все остальные ссылки:

gnomAD 3 AF - частота аллеля по данным базы gnomAD (версия 3).

Ячейки колонки раскрашены в зависимости от значения частоты:

зелёным, если AF ≥ 0.015;
жёлтым, если 0.01 ≤ AF < 0.015;
красным, если AF < 0.01.

Патогенность - патогенность варианта, которая может быть определена либо самостоятельно, либо по критериям ACMG, либо по базе патогенности. Если вы не загрузили базу патогенности или не определили патогенность варианта, то значение колонки будет (Нет интерпретации).

Описание дополнительных колонок таблицы#

В дополнение к описанным выше колонкам в таблицу SNV Viewer можно добавить другие колонки аннотации, как описано здесь. Ниже описаны колонки с "особенностями":

Колонка "Метка", в которой можно определить значимость варианта, описана выше.
Колонка "ФГ" содержит информацию о фазовой группе варианта. В форме добавления колонок она называется "Статус фазовой группы" (раздел "Common"). Сама фазовая группа (объединение гомозиготных вариантов, расположенных в пределах определенного геномного интервала) обозначена . Варианты, являющиеся частью фазовой группы с совпадающей аминокислотной заменой, обозначены , а с несовпадающей - .
Колонка "Онкозначимость" содержит кнопку , если вариант является онкозначимым, т.е. ассоциирован с развитием онкологических заболеваний. Кнопка открывает вкладку "Клинические рекомендации" страницы детальной информации о варианте.
Колонка "Фильтры детекции" содержит информацию о качестве варианта:
1. PASS - сайт содержит минимум один аллель, который удовлетворяет всем фильтрам. Ячейка раскрашена зелёным.
2. N/A - значение колонки неизвестно (точка в VCF-файле). Ячейка раскрашена жёлтым.
3. FAIL - вариант не удовлетворяет одному или нескольким фильтрам GATK. Наведя курсор мыши на ячейку, можно увидеть эти фильтры. Ячейка раскрашена красным. Возможные фильтры перечислены ниже.

Нажмите, чтобы посмотреть определения фильтров детекции

Значение фильтра детекции	Тип мутации	Инструмент GATK	Описание фильтра
alignment	Соматическая	FilterMutectCalls	Фильтр артефактов выравнивания
base_qual	Соматическая	FilterMutectCalls	Среднее качество оснований прочтений, поддерживающих альтернативный аллель
clustered_events	Соматическая	FilterMutectCalls	Кластерные события, наблюдаемые в опухоли, - соматические мутации, которые совместно встречаются в одном и том же интервале сборки
CNN_2D	Герминальная	CNNScoreVariants	Фильтрация на основе оценок предварительно обученной сверточной нейронной сети (convolutional neural network; CNN) 2D
contamination	Соматическая	FilterMutectCalls	Фильтр контаминации данных секвенирования
duplicate	Соматическая	FilterMutectCalls	Доказательства наличия альтернативного аллеля чрезмерно представлены очевидными дубликатами
FAIL	Соматическая	FilterMutectCalls	Ошибка сайта, если все аллели не проходят по разным причинам
fragment	Соматическая	FilterMutectCalls	Разница медианных длин фрагментов прочтений, поддерживающих альтернативный и референсный аллели
FS	Герминальная	FisherStrand	Вероятность смещения цепей на сайте, оцененная с помощью точного критерия Фишера. Смещение цепей - это тип смещения последовательности, при котором предпочтение отдается одной цепи ДНК перед другой, что может привести к неправильной оценке количества доказательств, наблюдаемых для одного аллеля по сравнению с другим. FisherStrand определяет, существует ли смещение цепи между прямой и обратной цепями для референсного или альтернативного аллеля (то есть встречается ли альтернативный аллель чаще или реже на прямой или обратной цепи, чем референсный аллель). FisherStrand хуже учитывает большие объемы данных в ситуациях с высоким покрытием по сравнению с StrandOddsRatio. Кроме того, FisherStrand имеет тенденцию "штрафовать" варианты, которые встречаются на концах экзонов. Варианты на концах экзонов, как правило, покрываются прочтениями только в одном направлении цепи, и FisherStrand дает таким вариантам плохую оценку, тогда как StrandOddsRatio учитывает соотношение прочтений, охватывающих оба аллеля.
germline	Соматическая	FilterMutectCalls	Доказательства указывают на то, что этот сайт является герминальным, а не соматическим
haplotype	Соматическая	FilterMutectCalls	Вариант расположен рядом с отфильтрованным вариантом того же гаплотипа
low_allele_frac	Соматическая	FilterMutectCalls	Доля аллеля ниже установленного порога
LowQual	Соматическая	FilterMutectCalls	Низкое качество
map_qual	Соматическая	FilterMutectCalls	Среднее качество картирования прочтений, поддерживающих альтернативный аллель
MQ	Герминальная	RMMSMapping- Quality	Среднеквадратичное значение качества сопоставления прочтений по всем образцам. Представляет собой оценку общего качества картирования прочтений, покрывающих сайт варианта, усредненную по всем образцам в когорте, т.е. квадратный корень среднего квадрата качества картирования сайта варианта. Таким образом, оценка учитывает стандартное отклонение качества картирования.
MQ_RANK_SUM	Герминальная	MappingQuality- RankSumTest	Тест суммы рангов для сопоставления качества картирования прочтения REF и качества картирования прочтения ALT. MQRankSum на уровне варианта сравнивает качество картирования прочтений, поддерживающих референсный аллель, с прочтениями, поддерживающими альтернативный аллель. Обнаружение любой статистически значимой разницы в качестве предполагает, что процесс секвенирования и/или картирования мог быть искажен артефактом.
mt_many_low_hets	Соматическая	FilterMutectCalls	Фильтр сайтов с низкой гетероплазмией
multiallelic	Соматическая	FilterMutectCalls	Мутация располагается в мультиаллельном сайте: слишком много альтернативных аллелей удовлетворяют LOD score (вероятный признак артефакта)
n_ratio	Соматическая	FilterMutectCalls	Отношение количества неизвестных нуклеотидов N к количеству альтернативных аллелей превышает установленный порог
normal_artifact	Соматическая	FilterMutectCalls	Нормальный артефакт: вариант, наблюдаемый в опухоли, также присутствует как артефакт в контрольном образце
numt_chimera	Соматическая	FilterMutectCalls	Вариант, расположенный в ядерной копии гена мтДНК (NuMT), со слишком большим количеством прочтений, поддерживающих альтернативный аллель, происходящих из аутосомы
numt_novel	Соматическая	FilterMutectCalls	Глубина альтернативного аллеля ниже ожидаемого покрытия ядерной копии гена мтДНК (NuMT) в аутосоме
orientation	Соматическая	FilterMutectCalls	Фильтр смещения ориентации - смещения, возникающего из-за химического изменения нуклеотида во время подготовки библиотеки, которое приводит к неправильному спариванию основанию (G с A, T c C и т.д.) (артефакт секвенирования)
OTHER	Любая		Значение колонки не распознано
panel_of_normals	Соматическая	FilterMutectCalls	Сайт находится в "черном списке" нормальной панели (PON). Как выбрать панель, описано здесь.
position	Соматическая	FilterMutectCalls	Медианное расстояние альтернативных мутаций от конца прочтения
possible_numt	Соматическая	FilterMutectCalls	Глубина аллеля ниже ожидаемого покрытия ядерной копии гена мтДНК (NuMT) в аутосоме
QD	Герминальная	QualByDepth	Достоверность варианта (значение из поля QUAL), нормализованная по нефильтрованнной глубине аллеля (AD) варианта в выборке вариантов с генотипом, отличным от hom-ref (homozygous/reference; генотип, при котором оба аллеля являются референсными)
QUAL	Герминальная		Качество варианта - вероятность существования (по шкале Phred) варианта в этом сайте с учетом данных секвенирования
READ_POS_RANK_SUM	Герминальная	ReadPosRank- SumTest	Тест суммы рангов для относительных позиций аллелей REF и ALT в прочтениях. ReadPosRankSum на уровне варианта проверяет, различаются ли положения референсного и альтернативного аллеля в прочтениях, которые поддерживают вариант. Нахождение аллеля только вблизи концов прочтений указывает на ошибку, потому что именно там секвенаторы склонны делать больше всего ошибок. Обнаружение статистически значимой разницы в относительном положении в любом случае указывает на то, что процесс секвенирования мог быть искажен артефактом.
SITE	Соматическая	FilterMutectCalls	Ошибка сайта
slippage	Соматическая	FilterMutectCalls	Фильтр ошибок проскальзывания полимеразы в ходе ДНК-репликации (предсказывается по количеству и длине коротких тандемных повторов (STR))
SOR	Герминальная	StrandOddsRatio	Смещение цепей, оцененное с помощью симметричного теста отношения шансов. Смещение цепей - это тип смещения последовательности, при котором предпочтение отдается одной цепи ДНК перед другой, что может привести к неправильной оценке количества доказательств, наблюдаемых для одного аллеля по сравнению с другим. StrandOddsRatio оценивает наличие смещения между прямыми и обратными цепями для референсного или альтернативного аллеля (аллелей).
strand_bias	Соматическая	FilterMutectCalls	Фильтр смещения цепей - смещения последовательности, при котором предпочтение отдается одной цепи ДНК перед другой, что может привести к неправильной оценке количества доказательств, наблюдаемых для одного аллеля по сравнению с другим (артефакт секвенирования)
strict_strand	Соматическая	FilterMutectCalls	Доказательства наличия альтернативного аллеля не представлены в обоих направлениях прочтения
weak_evidence	Соматическая	FilterMutectCalls	Мутация не соответствует порогу вероятности

Колонка "ClinVar" содержит информацию о клинической значимости варианта в базе ClinVar. В форме добавления колонок она называется "Clinical significance" (раздел "ClinVar"). Значения колонки представлены в виде значков:
- Аллель вероятного риска;
- Ассоциация не найдена;
- Аллель неопределенного риска;
- Аллель установленного риска;
- Ассоциация;
- Вероятно доброкачественный;
- Влияет;
- Вероятно патогенный или Вероятно патогенный с низкой пенетрантностью;
- Доброкачественный;
- Другое;
- Даёт чувствительность;
- Защитный;
- Конфликт: Противоречивые интерпретации патогенности или Противоречивые данные от отправителей;
- Лекарственная реакция;
- Неопределенная значимость;
- Не предоставлена;
- Патогенный или Патогенный с низкой пенетрантностью;
- Фактор риска.
При наведении курсора на значок можно посмотреть полное значение. Значения, состоящие из нескольких значимостей, обозначены звездочкой, а значком в таком случае обозначена первая значимость из списка:

Колонка "ENIGMA" содержит информацию о клинической значимости варианта, если он расположен в известном или предполагаемом гене предрасположенности к раку молочной железы и/или яичников (BRCA1, BRCA2 и др.), выявленной экспертами из консорциума ENIGMA. В форме добавления колонок она называется "ENIGMA clinical significance" (раздел "Other"). Значения колонки представлены в виде значков:
- Патогенный;
- Вероятно патогенный;
- Вероятно доброкачественный;
- Доброкачественный;
- Не предоставлена.
При наведении курсора на значок можно посмотреть полное значение. Значения, состоящие из нескольких значимостей, обозначены звездочкой, а значком в таком случае обозначена первая значимость из списка: