Выявление структурных вариаций

После успешного выполнения стадии "Предварительная обработка для выявления вариантов" для образца может запуститься выявление структурных вариаций, если стадия включена в анализ. Для образца неопухолевой ткани и одиночного образца опухолевой ткани будет проведено выявление герминальных структурных вариаций, а для образца опухолевой ткани из набора образцов опухоль/контроль - выявление соматических структурных вариаций.

1. Выявление структурных вариаций#

Выявление структурных вариаций происходит с помощью инструмента Delly. Delly - это интегрированный метод предсказания структурных вариаций, который позволяет обнаруживать, генотипировать и визуализировать делеции, тандемные дупликации, инверсии и транслокации с разрешением в один нуклеотид в данных массового параллельного секвенирования с короткими и длинными прочтениями. При поиске структурных вариаций не рассматриваются области теломер и центромер хромосом, поскольку эти повторяющиеся области невозможно проанализировать с помощью данных короткого прочтения, а также не имеющие места контиги.

Для обнаружения соматических структурных вариаций необходим как минимум один образец опухоли и соответствующий контрольный образец. Таким образом, выявление соматических структурных вариций проводится только в образце опухолевой ткани из набора образцов опухоль/контроль. В одиночном образце опухолевой ткани проводится выявление только герминальных структурных вариаций.

Используя выравнивание генома образца (или выравнивания геномов опухолевого и неопухолевого образца в случае выявления соматических структурных вариаций в образце опухоли из набора образцов опухоль/контроль), Delly вычисляет структурные вариации и выводит их в виде файла BCF (binary variant call format) - бинарной версии VCF. Полученный файл можно скачать в разделе "Файлы с результатами" в деталях задачи "Выявление структурных вариаций" ("Скачать BCF"). Соответствующий этому файлу индекс можно скачать в том же разделе ("Скачать CSI").

Далее полученный BCF файл преобразуется в VCF файл с помощью bcftools view. Затем VCF файл сжимается в GZIP архив с помощью bgzip. Получившийся файл можно скачать в разделе "Файлы с результатами" в деталях задачи "Выявление структурных вариаций" ("Скачать VCF_GZ"). Также этот файл можно открыть в IGV, нажав на ссылку "Открыть в IGV браузере". Кроме того, VCF файл индексируется с помощью tabix. Получившийся индексный файл можно скачать в том же разделе ("Скачать VCF_TBI").

2. Аннотация VCF со структурными вариациями#

Аннотирование и ранжирование выявленных структурных вариаций осуществляется программой AnnotSV. Она собирает функционально, регуляторно и клинически значимую информацию и направлена на предоставление аннотаций, полезных для интерпретации потенциальной патогенности структурной вариации и фильтрации потенциальных ложноположительных результатов.

Получившийся файл с аннотированными структурными вариациями в формате TSV можно скачать в разделе "Файлы с результатами" в деталях задачи "Аннотация VCF со структурными вариациями" ("Скачать Filtered variants TSV"). Его также можно открыть в таблицах Google. Тот же файл в формате CSV можно скачать в том же разделе ("Скачать Filtered variants CSV").
Получившийся файл с аннотированными структурными вариациями в формате VCF сжимается в GZIP архив с помощью bgzip. Его можно скачать в том же разделе ("Скачать Filtered variants VCF_GZ"). Также этот файл можно открыть в IGV, нажав на ссылку "Открыть в IGV браузере". Кроме того, этот VCF файл индексируется с помощью tabix, а полученный индексный файл можно скачать в том же разделе ("Скачать Filtered variants VCF_TBI").

На заметку

Если вы хотите добавить в вашу десктопную версию IGV трек со структурными вариациями, выявленными в результате анализа загруженного вами образца в Genomenal, вы можете сделать это через ссылку. Откройте детали нужной задачи ("Выявление структурных вариаций" или "Аннотация VCF со структурными вариациями") и сделайте следующее:

Нажмите правой кнопкой мыши на ссылку файла с вариациями (в зависимости от выбранной задачи ссылка может называться "Скачать VCF_GZ" или "Скачать Filtered variants VCF_GZ") и выберите опцию "Копировать адрес ссылки".
Загрузите трек через URL в вашу десктопную версию IGV, как это описано здесь.
Нажмите правой кнопкой мыши на ссылку для скачивания индексного файла, соответствующего файлу аннотации, ("Скачать VCF_TBI" или "Скачать Filtered variants VCF_TBI") и выберите опцию "Копировать адрес ссылки".
Добавьте URL индексного файла в соответствующее поле в IGV.
Нажмите "OK". Готово! Трек со структурными вариациями, выявленными в образце, добавлен в IGV.

После стадии "Выявление структурных вариаций" анализ может продолжиться генерацией отчётов.